一、原《辦法》和新《辦法》最高處罰額度相同的。例如“應開具而未開具發票的”行為，原《辦法》和新《辦法》都規定可處以1萬元以下的罰款。對于這類違法行為，即使是在生效日前后延續或持續發生，也不能分別按原《辦法》和新《辦法》處以罰款，而只能視為一次違法行為，處以1萬元以下的罰款，但可以在最高額度內從重處罰。
二、新《辦法》最高處罰額度高于原《辦法》的。原《辦法》對代開、轉借、轉讓發票的行為均規定可處以1萬元以下罰款。而新《辦法》對非法代開及轉借、轉讓發票的行為，均規定分別處以5萬元以下的罰款，對情節嚴重的，處以5萬元以上50萬元以下的罰款。對于這類性質、種類相同但最高處罰額度不同的違法行為，也不應分為兩段處罰，而應將生效日前后發生的數次行為合并為一次違法行為，按新《辦法》的規定的罰款額度進行處罰。
原《辦法》沒有設立處罰規定，而新《辦法》認為是違法行為，設立了處罰規定的。
新《辦法》第三十五條第（二）項新增了對“使用稅控裝置開具發票，未按期向主管稅務機關報送開具發票的數據的行為”可處以1萬元以下罰款的處罰規定。第三十七條第一款新增了對“讓他人為自己虛開發票，介紹他人虛開發票的”行為的處罰；第三十九條第（一）項新增了對“介紹他人轉讓發票、發票監制章和發票防偽專用品的”行為的處罰，均規定最高給予50萬元以下的罰款。
對于上述這類違法行為，根據“不溯及既往”的原則，對行為發生在生效日以前的，不應給予處罰；而對于在生效日以后發生這類行為的，應當依法給予處罰。
值得注意的是，如果行為人的此類行為在生效日以前就有發生，又跨越生效日并在此之后延續或持續實施這些行為的，在作出的處罰告知和處罰決定中，稅務機關只需列舉生效日以后發生的違法行為，依法給予處罰即可，以免被誤認為以新法追溯以往的行為，而招致不必要的行政復議、行政訴訟風險。
原《辦法》有處罰規定，而新《辦法》不認為是違法行為，沒有設立處罰規定的。
原《辦法》第三十六條及《細則》相關條款將“未按規定設置發票登記簿”和“未按規定建立發票保管制度”分別列入未按規定開具發票、未按規定保管發票的行為，規定可處以1萬元以下的罰款，但新《辦法》取消了對這些行為的處罰規定。對于此類原《辦法》有處罰規定，而新《辦法》不認為是違法，沒有設立處罰規定的的行為，應分別對待。
對只在生效日之前發生過這類行為的，遵循“實體從舊”的法理適用原則，仍應按原《辦法》進行處罰，同時鑒于新《辦法》已取消了對其的處罰規定，可酌情予以從輕處罰。對生效日之后新發生的這類行為，則應遵循“行政處罰法定”的原則，不應給予處罰。
如果行為人的此類行為在生效日以前就有發生，又在生效日以后延續或持續實施的，應按原《辦法》對發生在生效日之前的違法行為進行處罰。但在作出的處罰告知和處罰決定中，只能列舉生效日以前發生的違法行為，不應提及以后的行為，以免被誤認為還在以原法來處罰新法已不認為是違法的行為，從而被判為適用法規錯誤。
原《辦法》有處罰規定，而新《辦法》沒有設立處罰規定的特殊情形。
雖然新《辦法》刪除了原《辦法》中對有些行為的處罰規定，但并不表示就不是違法行為不需處罰了，只是因為這些處罰規定與《稅收征管法》中的處罰規定一致而沒必要再作重復規定。如原《辦法》第三十六條對“未按照規定接受稅務機關檢查的”行為的處罰規定就與《稅收征管法》第七十條的處罰規定重復，因此在新《辦法》中取消了對該行為的處罰。對于在發票管理事務中不接受稅務機關檢查的，如果違法行為發生在生效日以前的，仍按原《辦法》第三十六條的規定進行處罰；對于生效日以后發生的此類違法行為，就應依照《稅收征管法》第七十條的規定進行處罰。在實務中，遇到在新《辦法》中找不到處罰規定的問題，不能簡單的以為就不是違法行為就不需處罰，還應查看《稅收征管法》等相關法律法規是否有處罰規定。
雖然現在對于稅務行政執法中的新舊法規處罰規定銜接問題尚無明確界定，但是《立法法》第八十四條規定“法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章不溯及既往，但為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益而作的特別規定除外”。2004年最高人民法院《關于審理行政案件適用法律規范問題的座談會紀要》明確“行政相對人的行為發生在新法施行以前，具體行政行為作出在新法施行以后，人民法院審查具體行政行為的合法性時，實體問題適用舊法規定，程序問題適用新法規定。”
筆者認為，在處理發票違法案件時，要以維護當事人合法權益為宗旨，總體上遵循“實體從舊、程序從新”的原則，在適用實體法時，為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益，應遵守“不溯及既往”的原則。對于生效日以前發生的違法行為，只能適用原《辦法》的處罰規定。對跨越生效日延續或持續發生，原《辦法》和新《辦法》都規定應給以處罰的違法行為，根據“一事不二罰”的原則，只能根據新《辦法》對該違法行為給予一次處罰。
處理新舊處罰規定銜接的問題，最大的難點就在于，有些行為在生效日以前就發生了，又跨越生效日在以后延續或持續實施，且原《辦法》設置了處罰規定，但新《辦法》取消了相應的處罰規定；或者原《辦法》不認為是違法行為沒有處罰規定，但新《辦法》增設了處罰規定。
對此類情形，應當根據行為發生的時間，本著行政處罰法定和保障當事人合法權益的原則，分別適用原《辦法》對生效日以前的違法行為進行處罰，或者適用新《辦法》對生效日以后的違法行為進行處罰，不能用已廢止的處罰規定對跨越生效日以后的行為進行有法無據的處罰，更不能以新處罰規定對以往的行為進行追溯處罰。
