一、關于跨市州匯總納稅企業年度應納稅所得計算申報問題
跨市州匯總納稅企業的年度所得稅申報，實行逐級匯總制度。
1.三級機構年度終了必需填報《中華人民共和國企業所得稅年度申報表》Ａ類主表、附表一、附表二、附表三，一式三份隨同財務報表一同報送主管國稅機關，主管國稅機關受理申報后，留存一份，其中兩份蓋章后退還三級機構，三級機構留存一份，一份交二級機構。上述表格填報口徑按照填表說明中的口徑填寫，其中主表僅需填列前２１行，附表三只填寫帳載金額和稅收金額。資產在分支機構之間轉移的，不計算收入與成本。
2.二級機構必須匯總三級分支機構申報表和本級數據后填寫《中華人民共和國企業所得稅年度申報表》主表、附表一、附表二、附表三，一式三份，并附下級機構和本級的申報資料及財務報表一同報送主管國稅機關；受理申報后，留存一份，其中兩份蓋章后退還二級機構，二級機構留存一份，一份交總機構。填寫內容同上。
3.總機構必須在匯總下一級分支機構申報表和本級數據的基礎上，嚴格按照稅法規定填報《中華人民共和國企業所得稅年度稅申報表》。
4.總機構在年度終了后5個月內，應依照法律、法規和其他有關規定進行匯總納稅企業的所得稅年度匯算清繳。各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳。
5.總機構主管國稅機關受理申報后，總機構應將經所在地主管國稅機關受理蓋章的《中華人民共和國企業所得稅年度申報表》（復印件）分發給分支機構，報分支機構主管國稅機關備案。
二、關于分支機構稅款分配比例的計算問題
1.分支機構經營收入，是指分支機構在銷售商品或者提供勞務等經營業務中實現的全部營業收入，即分支機構填報的《中華人民共和國企業所得稅年度申報表》附表一中第一行。
計入分支機構收入形成損失后，在分支機構主管稅務機關進行審核并出具證明，由總機構據此計算損失金額。
2.分支機構職工工資，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予職工的各種形式的報酬及其他相關支出，包括在上級機構列支發放給本機構的職工工資，即分支機構填報《中華人民共和國企業所得稅年度申報表》附表三中第二十二行申報數。
3.分支機構資產總額，是指分支機構擁有或者控制的除無形資產外能以貨幣計量的經濟資源總額。
由上級機構統一購買(融資租賃)或自行購建的資產撥付下級機構使用的，無論其折舊、攤銷是否由分支機構計算，上級機構必需出具資產購買合同、撥付使用清單，計入分支機構資產總額，不再計入上級機構資產總額。其資產損失在分支機構主管稅務機關進行審核并出具證明，由總機構據此計算損失金額。
分支機構應建立資產清冊，對資產發生變化的應向主管國稅機關報備。
4.分支機構所在地主管國稅機關對上級機構計算確定的分攤所得稅款比例有異議的，應于收到《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》后30日內向上級部門提出書面復核建議。
分支機構上級機構在同一市州的由市（州）國家稅務局在收到復核建議后30日內，對分攤稅款的比例進行復核，并作出調整或維持原比例的決定。
分支機構與上級機構不在同一市州的，由市（州）國家稅務局向省國家稅務局提出復核建議，由省國家稅務局進行復核。
分支機構所在地主管國稅機關應執行上級部門的復核決定。
三、關于分支機構稅款分配問題
分支機構分配稅款應當按照國家稅務總局《跨地區匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）計算預繳。
1.二級及以下分支機構在同一市（州），其三級分支機構分配方式由所在市（州）國家稅務局決定，其可分配稅款為總機構分攤至該二級機構的稅款。
2.二級及以下分支機構不在同一市（州、直管市、林區），其分支機構稅款分配方式及繳納方式由省國家稅務局決定。
3.特殊情況由省國家稅務局另行通知。
四、匯總納稅企業評估和檢查問題
1.分支機構主管國稅機關在年度終了5個月以后，可對分支機構收入與扣除項目進行評估和檢查，對發現少計收入、多計支出項目，可對企業少計算的應納稅所得就地補稅，并以正式函件通知總機構主管國稅機關，對于影響分支機構分配比例的，企業應當及時調整分配比例。
如總機構辦理延期申報，對分支機構的評估和檢查應當在總機構年度申報結束后方可進行。
2.查補稅款不作為當年或以前年度就地預繳的稅款，不參與企業的匯繳清算。
本公告從2010年度匯算清繳開始執行。
