先看一個(gè)案例
A物資公司（以下簡稱A公司）名下一宗國有工業(yè)劃撥地，通過武漢市土地交易中心辦理土地委托交易，最終由B房地產(chǎn)開發(fā)公司（以下簡稱B公司）以4.8億元成交總價(jià)競得該宗土地使用權(quán)，土地用途和性質(zhì)同時(shí)變更為國有商業(yè)出讓地。B公司按4.8億成交價(jià)款與國土部門簽訂《國有建設(shè)用地出讓合同》，但實(shí)際只需向政府支付2.4億元，即成交價(jià)款的50%，作為政府土地收益，取得正式財(cái)政收據(jù)；其余2.4億元作為土地補(bǔ)償價(jià)款直接支付給A公司，與A公司簽訂《國有土地轉(zhuǎn)讓補(bǔ)償協(xié)議》并取得正式發(fā)票。
那么問題來了
1、土地委托交易應(yīng)認(rèn)定為國有土地使用權(quán)出讓，還是國有土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓？前者屬于土地一級(jí)市場，后者屬于土地二級(jí)市場，算轉(zhuǎn)讓吧，但B公司是與政府簽訂的出讓合同，并重新計(jì)算土地使用年限；算出讓吧，但B公司又與A公司簽訂了補(bǔ)償協(xié)議，并且支付了款項(xiàng)。而且，政府并未事先收回國有土地使用權(quán)，如何出讓呢？
2、如果土地委托交易被認(rèn)定為土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓行為，那么A公司應(yīng)納土地增值稅的應(yīng)稅收入如何確定？具體來講，本案中，A公司的應(yīng)稅收入應(yīng)確定為4.8億元（即B公司實(shí)際摘牌價(jià)），還是實(shí)際取得的2.4億元？
3、接著上面的問題，土地增值稅的扣除項(xiàng)目又如何確定，允許扣除哪些項(xiàng)目？
上面幾個(gè)問題，第1個(gè)問題是關(guān)鍵，這得扒一扒土地委托交易的實(shí)質(zhì)
根據(jù)我國土地管理相關(guān)規(guī)定，劃撥土地使用權(quán)是不能直接轉(zhuǎn)讓的，轉(zhuǎn)讓土地也不得改變土地用途，都必須先由原土地使用權(quán)人重新辦理土地出讓手續(xù)（土地變性與改變用途）并補(bǔ)繳土地出讓金，然后再按規(guī)定實(shí)施轉(zhuǎn)讓。這就是所謂的“先出讓后轉(zhuǎn)讓”、“先一級(jí)市場后二級(jí)市場”的“兩步走”方式。
武漢市實(shí)施的土地委托交易實(shí)質(zhì)上是將上述“兩步走”方式簡并為“一步走”，即直接按最終土地用途進(jìn)行招拍掛出讓，通過公開競拍形成土地成交價(jià)格。最終競得人支付的土地成交價(jià)款，一部分是按一定比例核定的政府土地收益，由競得人直接向政府繳納；一部分作為土地補(bǔ)償價(jià)款，由競得人支付給原土地使用權(quán)人。這種“一步走”方式，細(xì)思恐極，轉(zhuǎn)讓不像轉(zhuǎn)讓，出讓不像出讓，致使稅務(wù)處理有些棘手！
存在即合理！武漢市的土地委托交易制度當(dāng)然有它的創(chuàng)新之處，但稅務(wù)處理還得還原土地委托交易的本來面目，即將土地委托交易還原為“先變性、后轉(zhuǎn)讓”兩個(gè)環(huán)節(jié)，將最終競得人直接向政府上繳的土地收益理解成實(shí)為代原土地使用權(quán)人向政府支付（但原土地使用權(quán)人又未取得相應(yīng)財(cái)政收據(jù)），則上述另外兩個(gè)問題也迎刃而解：
對(duì)于第2個(gè)問題，土地委托交易應(yīng)按實(shí)際委托成交價(jià)（即競得人實(shí)際摘牌價(jià)）全額確定土地增值稅應(yīng)稅收入，本案中，A公司的應(yīng)稅收入應(yīng)確定為4.8億元。
對(duì)于第3個(gè)問題，在計(jì)算本次土地委托交易中A公司應(yīng)納土地增值稅稅額時(shí)，B公司代A公司向政府上繳的土地收益應(yīng)允許作為扣除項(xiàng)目扣除。至于A公司缺少合法有效憑據(jù)的問題，則必須實(shí)事求是，進(jìn)行特殊處理：可憑B公司上繳政府土地收益的財(cái)政收據(jù)復(fù)印件和與B公司簽訂的《國有土地轉(zhuǎn)讓補(bǔ)償協(xié)議》予以計(jì)算扣除。這里還可以試想一下，上面如果將A公司的應(yīng)稅收入僅確定為實(shí)際取得的2.4億元，那么，劃撥土地使用權(quán)基本無土地成本扣除，地上建筑物成本又不高，土地價(jià)值溢價(jià)巨大，必然導(dǎo)致最終算出的土地增值稅稅負(fù)畸高，細(xì)思恐極 1！
點(diǎn)評(píng)本案
隨著城市化進(jìn)程的加速推進(jìn)，過去的城郊地段現(xiàn)在變成了繁華鬧市，土地價(jià)值在飆升！部分企業(yè)和單位也希望分享城市發(fā)展收益，讓渡繁華地段土地，以獲取發(fā)展資金。但原有土地往往是工業(yè)、教育或公益用途的劃撥土地，只有實(shí)現(xiàn)土地變性并改變土地用途為商業(yè)出讓地，才能真正實(shí)現(xiàn)“寸土寸金”，如果僅僅只是被政府按原土地用途收儲(chǔ)顯然無法達(dá)到目的。武漢市的土地委托交易制度兼顧了各方利益，大大減少政府和企業(yè)的資金壓力，通過公開競拍的方式，實(shí)現(xiàn)了政府和企業(yè)收益最大化，符合市場規(guī)律。但土地委托交易制度中涉及的土地增值稅問題務(wù)必在事前經(jīng)過仔細(xì)測算，加以認(rèn)真對(duì)待。
