企業清算期間不屬于正常生產經營，其清算所得不能享受法定減免稅優惠，一律適用25%稅率。已按規定享受免稅資格待遇的非營利組織，其注銷后的剩余財產如未按登記核定或章程規定用于公益性、非營利性目的，或未由登記管理機關轉贈給與該組織性質、宗旨相同的組織并向社會公告的，主管稅務機關應提請免稅資格認定部門取消其免稅資格，并補征全部已免征的企業所得稅。
企業應自清算開始之日起15日內向主管稅務機關備案并報送相關資料，主要有：企業終止正常生產經營活動并開始清算的證明文件；清算聯絡人員名單及聯系方式；清算方案或計劃書；欠稅報告表；主管稅務機關要求提供的其他資料。企業在年度中間終止經營活動的，應自實際經營終止之日起60日內，向主管稅務機關辦理實際經營期企業所得稅匯算清繳。
企業應自清算結束之日起15日內向主管稅務機關報送企業清算所得稅納稅申報表和相關資料，辦理企業所得稅申報手續。
按《公司法》、《企業破產法》等規定需要進行清算的企業，報送：企業清算所得稅申報表；清算期間資產負債表、損益表；資產盤點表或者財產清單；注冊稅務師事務所等具有法定資質的中介機構出具的資產評估報告和稅收清算報告；企業清算結束尚未處置的資產清單，清算組指定保管人的授權委托書、組織機構代碼證和身份證復印件；股東分配剩余財產明細表；自然人股東個人所得稅扣繳明細表；主管稅務機關要求報送的其他資料。
企業重組中需要按清算處理的企業，報送：企業清算所得稅申報表；企業改變法律形式的工商部門或其他政府部門的批準文件；企業現有全部資產的計稅基礎變動表以及評估機構出具的資產評估報告；企業債權、債務處理或歸屬情況說明；自然人股東個人所得稅扣繳明細表；主管稅務機關要求報送的其他資料。
