項目部所屬機構不同，納稅辦法有別
建筑企業(yè)的一個重要特點是跨地區(qū)施工現(xiàn)象很普遍，很多企業(yè)的產(chǎn)值絕大部分由各地項目部創(chuàng)造，如果按照國稅函[2009]221號文件要求在項目部所在地納稅，對總機構所在地的稅收利益將有很大影響，因此有必要對建筑企業(yè)的所得稅管理作出特別規(guī)定。基于此，《國家稅務總局關于建筑企業(yè)所得稅有關問題的通知》（國稅函[2010]39號）明確，建筑企業(yè)跨地區(qū)設立的不符合二級分支機構條件的項目經(jīng)理部，應匯總到總機構或二級分支機構統(tǒng)一計算。但這一規(guī)定又必然影響項目部所在地的稅收利益，為此，國家稅務總局再次下發(fā)《關于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號），對項目部區(qū)分不同情況規(guī)定了不同征稅辦法，即總機構直接管理的跨地區(qū)項目部，按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季度由總機構向項目所在地預分企業(yè)所得稅，二級或二級以下分支機構直接管理的項目部仍按國稅函[2010]39號文件執(zhí)行。因此，只有總機構跨地區(qū)設立的項目部才需在當?shù)仡A分所得稅，而各級分支機構設立的項目部應匯總到所屬分支機構統(tǒng)一計算納稅。
機構設置不同，匯算清繳辦法有別
由于國稅函[2010]156號文件對項目部規(guī)定了不同的征稅辦法，會對總機構的匯算清繳產(chǎn)生不同要求。但如果總機構只設分支機構，其匯總納稅辦法與其他企業(yè)并無區(qū)別。
如果總機構只設跨地區(qū)項目部，則應扣除已由項目部預繳的企業(yè)所得稅后，按照其余額就地繳納。如某建筑企業(yè)在各省直接設立項目部，無分支機構。2011年截至11月份累計收入2000萬元，其中各項目部收入1500萬元，累計應納稅所得額為100萬元，則企業(yè)需向各項目部所在地預分所得稅=1500×0.2%＝3（萬元），在總機構就地預繳企業(yè)所得稅=100×25%－3＝22（萬元）。
如果總機構既有直接管理的跨地區(qū)項目部，又有跨地區(qū)二級分支機構的，則應先扣除已由項目部預繳的企業(yè)所得稅，再按照有關規(guī)定計算總、分支機構應繳納的稅款。如某建筑企業(yè)在A、B省分別設有分支機構，同時又在C、D省直接設立項目部，其他條件同上，則該企業(yè)需向C、D省項目部所在地預分所得稅3萬元，其余22萬元應按有關匯總納稅辦法，在總機構及A、B省分支機構間分配預繳。
這里應注意，企業(yè)向總機構直接管理的跨地區(qū)項目部所在地預分所得稅，很可能會出現(xiàn)總機構年終匯算清繳時，匯總計算的應納所得稅小于已預繳的稅款。如某企業(yè)2011年度在各項目部已預分稅款5萬元，而匯算清繳時應納所得稅3萬元，小于在各項目部已預分稅款2萬元。對此，國稅函[2010]156號文件明確，應由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳所得稅，而不是由各項目部所在地稅務部門多退少補。但如果是因各項目部所在地稅務部門未按規(guī)定標準預征稅款，則應要求其對多征部分及時返還給企業(yè)。
跨地區(qū)項目部所得稅的管理
根據(jù)國稅函[2010]156號文件規(guī)定，無論是總機構還是分支機構直接管理的跨地區(qū)項目部，均應向項目所在地主管稅務機關出具總機構所在地主管稅務機關開具的外出經(jīng)營活動稅收管理證明，未提供上述證明的，項目部所在地主管稅務機關應督促其限期補辦。不能提供上述證明的，應作為獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅，且總機構在匯算清繳時不能扣除該已繳稅款。需注意的是，根據(jù)《稅務登記管理辦法》，納稅人到外縣（市）臨時從事生產(chǎn)經(jīng)營活動的，應當在外出生產(chǎn)經(jīng)營以前，持稅務登記證向主管稅務機關申請開具外出經(jīng)營活動稅收管理證明。也就是說，分支機構在異地設立項目部，同時還應向分支機構所在地主管稅務機關申請開具外出經(jīng)營活動稅收管理證明。
