一是因專用發票抵扣聯、發票聯均無法認證的，由購買方填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》（以下簡稱申請單），并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，主管稅務機關審核后出具《開具紅字增值稅專用發票通知單》（以下簡稱通知單）。購買方不作進項稅額轉出處理。
二是購買方所購貨物不屬于增值稅扣稅項目范圍，取得的專用發票未經認證的，由購買方填報申請單，并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，主管稅務機關審核后出具通知單。購買方不作進項稅額轉出處理。
三是因開票有誤購買方拒收專用發票的，銷售方須在專用發票認證期限內向主管稅務機關填報申請單，并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，主管稅務機關審核確認后出具通知單。銷售方憑通知單開具紅字專用發票。
四是因開票有誤等原因尚未將專用發票交付購買方的，銷售方須在開具有誤專用發票的次月內向主管稅務機關填報申請單，并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由銷售方出具的寫明具體理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，主管稅務機關審核確認后出具通知單。銷售方憑通知單開具紅字專用發票。五是發生銷貨退回或銷售折讓的，除按照《通知》的規定進行處理外，銷售方還應在開具紅字專用發票后將該筆業務的相應記賬憑證復印件報送主管稅務機關備案。
納稅人不執行上述規定，擅自開具紅字專用發票是違反發票管理法規的行為，稅務機關將依據《發票管理辦法》的相關規定作出相應處罰。
紅字專用發票的開具方法
新修訂的《增值稅暫行條例實施細則》第十一條規定，增值稅一般納稅人銷售貨物或者應稅勞務，開具增值稅專用發票后，發生銷售貨物退回或者折讓、開票有誤等情形，應按照國家稅務總局的規定開具紅字增值稅專用發票。未按照規定開具紅字增值稅專用發票的，增值進行稅額不得從銷項稅額中扣減。
開具紅字專用發票的前提
從2007年1月1日起，國家稅務總局修訂后的《增值稅專用發票使用規定》（國稅發[2006]156號）全面實施，其中對增值稅一般納稅人開具紅字專用發票提出了一系列新的管理要求。根據有關規定，一般納稅人取得專用發票后，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》（以下簡稱《申請單》），申請開具紅字專用發票。
主管稅務機關對一般納稅人填報的《申請單》進行審核后，出具《開具紅字增值稅專用發票通知單》（以下簡稱《通知單》）?！锻ㄖ獑巍窇c《申請單》一一對應。銷售方憑《通知單》開具紅字專用發票，在防偽稅控系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《通知單》一一對應?！锻ㄖ獑巍芬皇饺?，第一聯由購買方主管稅務機關留存，第二聯由購買方送交銷售方留存，第三聯由購買方留存?！锻ㄖ獑巍窇由w主管稅務機關印章。
一般納稅人在開具專用發票時就發現有誤的，可即時作廢；在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理，不需開具紅字專用發票。作廢條件是指同時具有下列情形：收到退回的發票聯、抵扣聯時間未超過銷售方開票當月；銷售方未抄稅并且未記賬；購買方未認證或者認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”。
紅字專用發票的開具方法
一般納稅人取得專用發票后，發生銷貨退回、開票有誤（購買方已收發票）等情形或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，由購買方填報《申請單》，《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。經認證結果為“納稅人識別號不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，《申請單》上應填寫相對應的藍字專用發票信息；認證相符并且已經抵扣進項稅額的，不填寫相對應的藍字專用發票信息。
主管稅務機關對《申請單》進行審核后，出具《通知單》。銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票。購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，不作進項稅額轉出。
發生銷貨退回或銷售折讓的，銷售方還應在開具紅字專用發票后將該筆業務的相應記賬憑證復印件報送主管稅務機關備案。
無法認證和不在扣稅范圍的如何開具
因專用發票抵扣聯、發票聯均無法認證的，由購買方填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，主管稅務機關審核后出具《通知單》。銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票，購買方不作進項稅額轉出處理。
購買方所購貨物不屬于增值稅扣稅項目范圍，取得的專用發票未經認證的，由購買方填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，主管稅務機關審核后出具《通知單》。銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票，購買方不作進項稅額轉出處理。
開票有誤的如何開具
因開票有誤購買方拒收專用發票的，銷售方須在專用發票認證期限內向主管稅務機關填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，主管稅務機關審核確認后出具《通知單》。銷售方憑《通知單》開具紅字專用發票。
因開票有誤等原因尚未將專用發票交付購買方的，銷售方須在開具有誤專用發票的次月內向主管稅務機關填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由銷售方出具的寫明具體理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，主管稅務機關審核確認后出具《通知單》。銷售方憑《通知單》開具紅字專用發票。
稅法對填開紅字專用發票政策的規定
填開紅字發票就意味著要沖減銷售收入和銷項稅額，使當期的應納增值稅稅額減少，因此，填開紅字專用發票一直是增值稅專用發票管理的主要內容，除基本法規規定外，近年來還出臺了一些補充文件，現一一介紹如下：
一、基本法規規定
2006年10月17日《國家稅務總局關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）對原《增值稅專用發票使用規定》進行了重新修訂，規定：購買方一般納稅人取得專用發票后，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向其主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》（以下簡稱《申請單》）申請開具紅字增值稅專用發票。購買方主管稅務機關對《申請單》及相關的增值稅專用發票審核無誤后，向銷售方簽發《開具紅字增值稅專用發票通知單》（以下簡稱《通知單》）。銷售方憑加蓋有購買方主管稅務機關印章的《通知單》開具紅字專用發票。
二、補充規定
1、2006年12月29日《國家稅務總局關于納稅人折扣折讓行為開具紅字增值稅專用發票問題的通知》（國稅函[2006]1279號）規定：因市場價格下降等原因，納稅人銷售貨物并向購買方開具增值稅專用發票后，由于購貨方在一定時期內累計購買貨物達到一定數量，或者由于市場價格下降等原因，銷貨方給予購貨方相應的價格優惠或補償等折扣、折讓行為，銷貨方可按現行《增值稅專用發票使用規定》的有關規定開具紅字增值稅專用發票。
2、2007年2月16日《國家稅務總局關于修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》（國稅發[2007]18號，以下簡稱《通知》）對發生銷貨退回、銷售折讓以及開票有誤等情況需要開具紅字專用發問題作出了如下補充規定：
（1）、因專用發票抵扣聯、發票聯均無法認證或購買方所購貨物不屬于增值稅扣稅項目范圍，取得的專用發票未經認證的的，由購買方填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，經其主管稅務機關審核后出具《通知單》，銷售方憑《通知單》開具紅字增值稅專用發票。
（2）、因開票有誤購買方拒收增值稅專用發票的，銷售方須在自開票之日起90日內向主管稅務機關填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，經主管稅務機關審核確認后簽發《通知單》。銷售方憑其主管稅務機關簽發的《通知單》開具紅字專用發票。
（3）、因開票有誤等原因尚未將專用發票交付購買方的，銷售方須在開具有誤專用發票的次月內向主管稅務機關填報《申請單》，并在《申請單》上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供寫明具體理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，經主管稅務機關審核確認后出具《通知單》。銷售方憑《通知單》開具紅字專用發票。
（4）、發生銷貨退回或銷售折讓的，除按照規定開具紅字增值稅專用發票外，銷售方還應在開具紅字專用發票后將該筆業務的相應記賬憑證復印件報送主管稅務機關備案。
3、2008年08月25日《國家稅務總局關于紅字增值稅專用發票通知單管理系統推行工作的通知》（國稅函[2008]761號）規定：從2008年10月1日起，全國國稅系統必須使用紅字發票通知單管理系統開具《通知單》，購買方在2008年10月1日以后取得的按原方式開具的《通知單》，必須在2008年11月30日之前開具紅字增值稅專用發票，2008年12月1日之后不得再作為開具紅字增值稅專用發票的依據。
4、2009年5月25日《國家稅務總局關于卷煙消費稅計稅依據有關問題的通知》（國稅函[2009]271號）規定，卷煙工業企業在卷煙消費稅實行最低計稅價格后開具的專用發票不符合作廢條件，卷煙調撥價格調高的，可按差額另行開具專用發票；卷煙調撥價格調低，已將專用發票交付卷煙批發企業的，由卷煙批發企業填報《申請單》，取得主管稅務機關出具的《通知單》后交卷煙工業企業開具紅字增值稅專用發票；卷煙調撥價格調低，尚未將專用發票交付卷煙批發企業的，由卷煙工業企業填報《申請單》，取得主管稅務機關出具的《通知單》后開具紅字增值稅專用發票。
總之，納稅人在開具紅字增值稅專用發票時必須得憑購銷雙方的《通知單》開具，否則不得沖減本期的銷售收入和銷項稅額。
開具紅字發票過程中應注意的問題
根據《國家稅務總局關于新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關使用問題的通知》（國稅發[2007]101號）精神，受票方取得貨運發票后，發生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運費部分退回需要開具紅字發票的，應由受票方向其主管稅務機關填報《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票申請單》（以下簡稱《申請單》）。受票方主管稅務機關對《申請單》審核無誤后，簽發《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票通知單》（以下簡稱《通知單》），然后，受票方持《通知單》要求承運方開具紅字運輸發票。如果原發票是由稅務機關或代開票中介機構代開的，則由承運方負責到原代開方辦理開具紅字運輸發票事宜。
但在開具紅字發票過程中應注意以下幾個問題：
1、在開具紅字發票前，如果開票方（指自開票納稅人）和受票方均未記賬、貨運發票全部聯次可以收回、同時代開發票單位代扣的稅款也未入庫的，應對全部聯次監制章部位做剪口處理后封存，不再開具紅字發票，重新開具藍字發票即可；但如果有一方已經入賬、貨運發票不能全部聯次收回、或代開發票單位已將代扣的稅款入庫時，則必須開具紅字發票。需要注意的是：在這種情況下，在下次領購新貨運發票時應將剪口后的貨運發票全部聯次交稅務機關查驗留存。
2、受票方為營業稅納稅人的，應提供地稅主管稅務機關簽發的《通知單》；受票方為增值稅納稅人的，應提供國稅主管稅務機關簽發的《通知單》。
3、開具紅字發票時應在價稅合計的大寫金額第一字前加“負數”字，在小寫金額前加“-”號。
4、月末在報送稅控盤（或傳輸盤）數據時應將《通知單》一并交主管稅務機關審核、比對；比對不符的，不再允許開具紅字貨運發票，并按有關規定進行處理。
5、不論是自開票納稅人還是代開票納稅人，因開具紅字運輸發票而多繳的稅款，要及時向主管稅務機關（地稅部門）申請辦理退庫手續。
