財(cái)稅[2009]60號文件第五條規(guī)定，企業(yè)全部資產(chǎn)的可變現(xiàn)價(jià)值或交易價(jià)格減除清算費(fèi)用，職工的工資、社會保險(xiǎn)費(fèi)用和法定補(bǔ)償金，結(jié)清清算所得稅、以前年度欠稅等稅款，清償企業(yè)債務(wù)，按規(guī)定計(jì)算可以向所有者分配的剩余資產(chǎn)。
被清算企業(yè)的股東分得的剩余資產(chǎn)的金額，其中相當(dāng)于被清算企業(yè)累計(jì)未分配利潤和累計(jì)盈余公積中按該股東所占股份比例計(jì)算的部分，應(yīng)確認(rèn)為股息所得；剩余資產(chǎn)減除股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應(yīng)確認(rèn)為股東的投資轉(zhuǎn)讓所得或損失。
被清算企業(yè)的股東從被清算企業(yè)分得的資產(chǎn)應(yīng)按可變現(xiàn)價(jià)值或?qū)嶋H交易價(jià)格確定計(jì)稅基礎(chǔ)。
《公司法》第一百八十七條規(guī)定，清算組在清理公司財(cái)產(chǎn)、編制資產(chǎn)負(fù)債表和財(cái)產(chǎn)清單后，應(yīng)當(dāng)制定清算方案，并報(bào)股東會、股東大會或者人民法院確認(rèn)。
公司財(cái)產(chǎn)在分別支付清算費(fèi)用、職工的工資、社會保險(xiǎn)費(fèi)用和法定補(bǔ)償金，繳納所欠稅款，清償公司債務(wù)后的剩余財(cái)產(chǎn)，有限責(zé)任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。
清算期間，公司存續(xù)，但不得開展與清算無關(guān)的經(jīng)營活動。公司財(cái)產(chǎn)在未依照前款規(guī)定清償前，不得分配給股東。
根據(jù)上述規(guī)定，被合并企業(yè)應(yīng)按上述規(guī)定股東的出資比例向其分配剩余資產(chǎn)。
2、企業(yè)所得稅、增值稅、營業(yè)稅的處理應(yīng)遵循各自的稅法規(guī)定。
財(cái)稅[2009]59號文件第六條第（四）款規(guī)定，企業(yè)合并，企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時(shí)取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價(jià)的企業(yè)合并，可以選擇按特殊性處理……
根據(jù)上述規(guī)定，企業(yè)合并企業(yè)所得稅適用特殊性稅務(wù)處理的前提條件是，與股權(quán)支付金額比例或同一控制下且不需要支付對價(jià)的企業(yè)合并，并不意味著企業(yè)符合《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人資產(chǎn)重組有關(guān)增值稅問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第13號）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人資產(chǎn)重組有關(guān)營業(yè)稅問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第51號）規(guī)定。
國家稅務(wù)總局公告2011年第13號規(guī)定，納稅人在資產(chǎn)重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實(shí)物資產(chǎn)以及與其相關(guān)聯(lián)的債權(quán)、負(fù)債和勞動力一并轉(zhuǎn)讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉(zhuǎn)讓，不征收增值稅。
國家稅務(wù)總局公告2011年第51號規(guī)定，納稅人在資產(chǎn)重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實(shí)物資產(chǎn)以及與其相關(guān)聯(lián)的債權(quán)、債務(wù)和勞動力一并轉(zhuǎn)讓給其他單位和個人的行為，不屬于營業(yè)稅征收范圍，其中涉及的不動產(chǎn)、土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓，不征收營業(yè)稅。
根據(jù)上述規(guī)定，企業(yè)合并適用上述不繳納增值稅、營業(yè)稅規(guī)定的，勞動力的轉(zhuǎn)讓是前提條件之一。若不符合上述條件，其中涉及的貨物轉(zhuǎn)讓，繳納增值稅；涉及的不動產(chǎn)、土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓，繳納營業(yè)稅。
3、《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)改制過程中有關(guān)印花稅政策的通知》（財(cái)稅[2003]183號）規(guī)定，以合并或分立方式成立的新企業(yè)，其新啟用的資金賬簿記載的資金，凡原已貼花的部分可不再貼花，未貼花的部分和以后新增加的資金按規(guī)定貼花。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印花稅若干具體問題的解釋和規(guī)定的通知》（國稅發(fā)[1991]155號）第十條規(guī)定，“財(cái)產(chǎn)所有權(quán)”轉(zhuǎn)移書據(jù)的征稅范圍是：經(jīng)政府管理機(jī)關(guān)登記注冊的動產(chǎn)、不動產(chǎn)的所有權(quán)轉(zhuǎn)移所立的書據(jù)，以及企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所立的書據(jù)。
依據(jù)上述規(guī)定，企業(yè)合并適用特殊性稅務(wù)處理。將其全部資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓，涉及的不動產(chǎn)、土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓和股轉(zhuǎn)讓所立的書據(jù)以及未貼花的部分和以后新增加的資金按規(guī)定貼花。
