企業所得稅法規定，通過支付現金方式取得的投資資產，以購買價款為計稅基礎。因此，當長期股權投資的初始投資成本，小于投資時應享受被投資單位可辨認凈資產公允價值份額而計入當期損益的部分，稅法不予認可，應進行納稅調減。
正確處理股權轉讓方的個人所得稅
甲公司從熊先生處收購了某公司股權，收購價格1億元，同時合同約定甲公司為熊先生負擔股權轉讓所得的個人所得稅。熊先生股權的投資成本為0.4億元，甲公司據此計算熊先生應負擔的個人所得稅為（1-0.4）×20%=0.12億元。甲公司將0.12億元計入管理費用。
甲公司為熊先生計算的個人所得稅稅款是錯誤的。由于熊先生取得轉讓款為稅后價，在計算應納稅額時，應將不含稅價換算成含稅價。換算公式為X-（X-0.4）×20%=1，求出含稅轉讓款為1.15億元。因此，甲公司應代扣代繳的個稅為（1.15-0.4）×20%=0.15億元。
企業為合同交易方負擔稅款能否稅前扣除，稅法沒有明確規定，實務中多數稅務機關認為，為轉讓方負擔的稅金與企業生產經營無關，不允許稅前列支。甲公司將所負擔的個人所得稅直接列支為當期損益存在巨大稅務風險。因此，涉稅中介機構可以建議企業與股權轉讓方重新簽訂合同，將合同價款約定為1.15億元，甲公司代扣代繳個人所得稅0.15億元后，將1億元支付給熊先生。這樣可以規避稅收風險。
債務剝離式股權收購隱藏捐贈風險
甲公司收購李先生持有的A公司股權，A公司凈資產評估價3億元。合同約定，由甲公司支付李先生股權轉讓款4億元，該款項包括甲公司支付給李先生剝離債務款項1億元，以及向李先生支付的全部股權轉讓款3億元。合同簽訂后，李先生代A公司償還債務1億元。
由于A公司無需再償還1億元的負債，因此，該款項可能被稅務局認定為老股東對A公司的捐贈，而要求A公司按接受捐贈所得繳納企業所得稅。
涉稅中介機構可建議甲公司修改與李先生的股權轉讓合同，將股權轉讓款修改為3億元。甲公司、A公司、李先生簽訂三方協議，甲公司為A公司償還1億元債務，該債務由李先生代為履行。這樣處理后，就不涉及捐贈問題。
無償接受股權隱含巨大稅收風險
甲公司無償接收其集團母公司劃轉的持有A公司的100%股權，A公司賬面凈資產為1億元，評估價為3億元。
企業所得稅法實施條例的規定，接受捐贈收入，是指企業接受的來自其他企業、組織或者個人無償給予的貨幣性資產、非貨幣性資產。接受捐贈收入，按照實際收到捐贈資產的日期確認收入的實現。因此，甲公司應將3億元進行納稅調增，繳納企業所得稅。
關聯企業間的無償劃轉隱含著巨大的稅收風險。除了劃入方要作為接受捐贈所得繳納企業所得稅，劃出方還要視同銷售繳納企業所得稅，另外，由于關聯企業間的無償劃轉不屬于公益性捐贈，則劃出方的視同銷售成本也無法在稅前扣除。因此，關聯企業應避免無償劃轉。
正確處理債轉股的稅務和會計差異
乙公司拖欠甲公司貨款1億元，2012年，甲公司將乙公司訴訟至法院，通過法庭調解，甲乙公司達成和解協議，甲公司將擁有的對乙公司的1億元債權轉成對乙公司0.9億元的投資。
按稅法有關規定，對于債轉股業務，納稅人可以選擇特殊性重組和一般性重組。如選擇特殊重組，則對債務清償和股權投資兩項業務暫不確認有關債務清償所得或損失，股權投資的計稅基礎以原債權的計稅基礎確定。企業的其他相關所得稅事項保持不變。因此，如乙公司到稅務機關作特殊重組備案，則甲公司0.1億元投資損失不允許稅前扣除。乙公司0.1億元重組收益無需確認所得。同時，甲公司持有乙公司股權的計稅基礎為1億元。
在債轉股特殊性稅務處理中，甲公司長期股權投資的計稅基礎為1億元，而會計成本為0.9億元，該事項將形成稅會差異，由于現行的納稅申報表中無法體現甲公司持有乙公司長期股權投資的計稅基礎，因此中介機構應建議企業對該事項在納稅申報表后附注，以便甲公司未來轉讓乙公司股權時，能正確計算股權轉讓所得。
