根據《國家稅務總局關于印發〈營業稅問題解答（之一）〉的通知》（國稅函發〔1995〕156號，以下簡稱156號文件）規定，一方提供土地使用權，另一方提供資金合作建房，由于土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了部分房屋的所有權。在這一合作過程中，一方以轉讓部分土地使用權為代價換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；另一方則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取了部分土地使用權，發生了銷售不動產的行為。因此，應分別按照“轉讓無形資產”、“銷售不動產”稅目繳納營業稅。
在上述案例中，由于雙方沒有進行貨幣結算，應當按照營業稅暫行條例實施細則第十五條的規定，分別核定雙方各自的營業額。如果合作建房的任何一方將分得的房屋銷售出去，則又發生了銷售不動產行為，應對其銷售收入再次按“銷售不動產”稅目征收營業稅。也就是說，按照156號文件的規定，甲方應該在與乙方簽署合同之日按照“轉讓無形資產”稅目中的“轉讓土地使用權”子目繳納營業稅及附加，在銷售一層房屋時按照“銷售不動產”稅目繳納營業稅及附加，乙方應當在取得土地使用權和銷售房屋時兩次按照“銷售不動產”稅目繳納營業稅及附加。
在土地增值稅方面，《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字〔1995〕48號）第二條關于“合作建房的征免稅問題”規定，對于一方出土地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例自用的，暫免征收土地增值稅。建成后轉讓的，應征收土地增值稅。對于土地增值稅如何繳納，并無明確規定。
基于此，稅務機關要求甲方就銷售一層房屋收入繳納土地增值稅，乙方對于繳納土地增值稅無異議，但對于再銷售時取得收入的成本如何確認有不同觀點。乙方認為，該種合作方式的實質是“以物易物”，在計算分得房屋再銷售的計稅成本應該按換出去房屋的公允價值確認再加上分得房屋的建安成本確認。而稅務機關認為，根據《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發〔2009〕31號，以下簡稱31號文件）第三十一條的規定，計算分得房屋再銷售的計稅成本，是建設該合作項目發生的所有建安成本支出。因此在成本確認中，各稅種確認的原則應該保持一致。
筆者認為，對于土地提供方甲方，合作建房自用暫免征收土地增值稅，是指以地換房環節的土地增值稅，由于分房后銷售不再符合免稅條件，應補繳以地換房環節的增值稅同時繳納銷售房屋的土地增值稅，是兩道而非一道土地增值稅。對于乙方土地增值稅成本的確認問題，筆者認為乙方是以房產抵償土地款項，在計算土地增值稅時，應按照《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）的有關規定，以分出房屋的公允價作為取得土地使用權的價值，加上發生的各項成本費用作為土地增值稅的扣除項目。
在企業所得稅方面，乙企業的企業所得稅應該由出售房屋（一層以外）的收入減去該項土地使用權的取得成本以及建筑成本（一層以外）加上所應支付的相關稅費確定計稅依據。在核算土地使用權的取得成本時，應該根據31號文件第三十一條的規定，由分出一層房屋的公允價值加上土地使用權轉移過程中應支付的相關稅費確定。企業以非貨幣方式取得土地使用權的，若以換取開發產品為目的，待分出開發產品時按分出產品的公允價值加上土地使用權轉移過程中應支付的相關稅費確定該項土地使用權的成本。對于甲方，其企業所得稅應該包括銷售一層房屋環節的凈所得加上以地換房環節的凈所得確認，其確認依據和原則也應與土地增值稅確認原則一致。
在契稅方面，對于甲乙雙方應該負擔的契稅，稅務機關認為，按照契稅暫行條例的規定，乙方提供資金換取甲方部分土地的使用權，應該對乙方征收契稅，其計稅依據為乙方取得土地使用權的成交價格。由于雙方沒有進行貨幣結算，因此應當由征收機關參照土地使用權出售的市場價格核定。同時，根據契稅暫行條例細則第十條規定，土地使用權與房屋所有權之間相互交換，交換價格不相等的，由多交付貨幣、實物、無形資產或者其他經濟利益的一方繳納稅款。交換價格相等的，免征契稅。本案中甲乙雙方的土地使用權與房屋所有權交換價格是否相等，應當由乙方交付給甲方一層房屋的公允價值減去乙方獲得的部分土地使用權的公允價值確定。
