在稅務稽查前，檢查人員告知并引導納稅人可以側重對用于免稅項目的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額從銷項稅額中抵扣的問題進行自查。按照《山東省國家稅務局關于引導納稅人自查自糾優化稽查執法服務的意見》的規定，檢查人員向企業送達了《納稅人自查自糾告知書》，通知其自收到告知書之日起3日內，嚴格按照稅收政策的有關規定，對2006～2009年間用于免稅項目的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額抵扣銷項稅額的情況進行自查。自查結束后，應在3日內向當地國家稅務局報送自查報告和《納稅人自查報告表》。對自查發現存在問題的，應及時報送上述問題的賬簿、會計憑證和其他有關資料的復印件。經該公司自查，2007年8月至2009年2月用于免稅項目（進料加工深加工結轉、來料加工）的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額200余萬元抵扣了銷項稅額。企業將上述事項詳細列表，并分類匯總，向當地國家稅務局提交《自查報告》，并認真填寫了《自查自糾報告表》。
（二）梳理資料，確定疑點
檢查人員向該企業送達了《稅務檢查通知書》，結合企業自行提供的自查自糾材料對其用于免稅項目（進料加工深加工結轉以及來料加工）的進項稅額進行重點檢查。
該集團有限責任公司前身系某集團股份有限公司，企業規模較大，人員變動頻繁，要深入了解企業的真實生產經營情況，難度較大。企業銷售額大，產量大，原材料采購業務頻繁，涉及材料類型多，生產環節及工藝流程較為復雜，取證工作量大。檢查時采取順查法，對該企業每本記賬憑證中的每筆業務逐一核實，并且對業務所附的原始單據進行逐筆檢查分析。對應進項稅額轉出的項目、金額、數量重點核實，看是否足額轉出，是否存在應轉出未轉出情形。通過與企業負責人、財務人員約談，查閱相關賬簿憑證和申報表等資料，實地檢查廠房車間，對企業提交的報告和統計表呈現的數據逐項核實。其中2007年8月免稅貨物不得抵扣的增值稅進項稅額為1524.78元，2008年3月為67.14萬元，2008年4月為66.32萬元，2008年5月為40.62萬元，2008年2月為26.15萬元。合計200.39萬元。鑒于涉案稅額較大，已提請區局重大案件審理委員會審理。
三、案件處理情況
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條、第十條第三項的相關規定，以及根據《財政部國家稅務總局關于增值稅若干政策的通知》（財稅[2005]165號）第四條規定：納稅人兼營免稅項目或非應稅項目（不包括固定資產在建工程）無法準確劃分不得抵扣的進項稅額部分，按下列公式計算不得抵扣的進項稅額，即：
不得抵扣的進項稅額=(當月全部進項稅額—當月可準確劃分用于應稅項目、負稅項目及非應稅項目的進項稅額)×當月免稅項目銷售額、非應稅項目營業額合計÷當月全部銷售額、營業額合計 當月可準確劃分用于免稅項目和非應稅項目的進項稅額
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條規定：納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收萬分之五的滯納金。該公司應補繳增值稅200.39萬元，從稅款滯納之日起按日加收萬分之五的滯納金。
四、案件啟示
（一）要厘清企業經營行為，確定適用的稅收政策
進料加工貿易、來料加工貿易及進料加工深加工結轉貿易是三種不同的出口貿易方式，稅務部門應認真區分其特點，準確適用相關稅收政策。目前，企業利用來料加工和進料加工深加工結轉貿易購進貨物抵扣進項稅款，從而達到少繳稅款的目的，這是企業逃避繳納稅款的較為隱蔽的方式之一。材料統一入賬，魚目混珠，給檢查人員在檢查中造成一定的難度。這就要求檢查人員在查賬過程中，應對原始憑證進行檢查核對，不能只看賬簿或報表，要從原始憑證中找線索。不能因為數據多而嫌麻煩，檢查人員應具備職業敏銳性和強烈的責任心，才能堅守住稅收征管的最后一道防線。
（二）檢查預案能切實提高稽查效能
稅務稽查要打有準備之仗。做好查前分析，制定好檢查預案，才能有的放矢，提高稽查效果。在實施檢查中，要深入了解企業的生產經營方式、范圍，企業的現狀，用科學有效的方法、手段去開展檢查。同時，抓住線索就要追到底，把問題查全、查深、查透、查實。檢查人員必須在檢查工作中，認真結合企業稅務登記信息、納稅申報數據以及日常調查了解到的有關內容進行細微的查前論證分析。同時，要強化對納稅人財務會計資料、納稅申報資料與實際經營情況三者之間的對比分析，注意找出其中的異常情況，以明確檢查目標，實施重點檢查。不能只注重對稅負偏低納稅人的檢查，對一些稅負正常或較高的納稅人也應給以注意，避免形成檢查誤區。
（三）“征、管、查”聯動才能從根本上堵塞稅收漏洞
要從根本上堵塞稅收漏洞，須加大稅源監控力度，實行稅源精細化管理，切實掌握企業生產經營的真實情況，及時進行納稅評估，以便發現和處理異常情況。在日常稅收管理工作中，應加大對免稅企業管理力度，對申報的進項稅額應該從嚴把關，避免出現稅收征管漏洞。應建立合理、有效、有序的信息移送或共享制度，強化責任，使“征、管、查”工作既相互獨立，又緊密配合，相互促進，真正達到以查促管的目的。
