最近，很多納稅人咨詢跨地區經營匯總納稅企業所得稅匯算清繳中的相關問題，小編結合《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）對納稅人反映集中的問題進行了歸集梳理，具體內容如下：
問題一、何為跨地區經營匯總納稅企業？
居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（簡稱匯總納稅企業）。需要注意的是，匯總納稅企業不得核定征收企業所得稅。
問題二、匯總納稅企業所得稅采用怎樣的征收管理辦法？
匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法：
（一）統一計算，是指總機構統一計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
（二）分級管理，是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
（三）就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
（四）匯總清算，是指在年度終了后，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補。
（五）財政調庫，是指財政部定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。
問題三、總分機構如何就地分攤繳納企業所得稅？
總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。
二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。
以下二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅：
（一）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
（二）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。
（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。
（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
（五）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
同時，下列三種特殊情形也需要注意：
（一）總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非本辦法第四條規定的二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
（二）匯總納稅企業當年由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，并作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
（三）匯總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合并、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
問題四、總分機構分攤稅款計算方法？
總機構按以下公式計算分攤稅款：
總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
分支機構按以下公式計算分攤稅款：
所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例
總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。
計算公式如下：
某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35 （該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35 （該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30
分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。
問題五、匯總納稅企業發生的資產損失如何申報扣除？
匯總納稅企業發生的資產損失，應按以下規定申報扣除：
（一）總機構及二級分支機構發生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發生的資產損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構，由二級分支機構統一申報。
（二）總機構對各分支機構上報的資產損失，除稅務機關另有規定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
（三）總機構將分支機構所屬資產捆綁打包轉讓所發生的資產損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。
問題六、總分機構適用不同稅率如何分攤納稅？
對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。
