要解決未取得合法有效憑證企業所得稅前是否可以稅前扣除問題，首先要明確什么是合法有效憑證。什么是合法有效憑證？有人認為只有發票是合法有效憑證，這一觀點是錯誤的。實際上發票是合法有效憑證之一，但不是唯一的。例如企業支付給員工的工資，雖然沒有也不可能取得發票，但是工資表及付款給銀行個人工資賬戶的憑據也是合法有效憑證，企業可以據此在企業所得稅稅前扣除。企業所得稅有關法規中對合法有效憑證并沒有明確的規定，但是可以參照營業稅方面的相關規定。
營業稅暫行條例實施細則第十九條規定，條例第六條所稱符合國務院稅務主管部門有關規定的憑證（以下統稱合法有效憑證），是指：一、支付給境內單位或者個人的款項，且該單位或者個人發生的行為屬于營業稅或者增值稅征收范圍的，以該單位或者個人開具的發票為合法有效憑證；二、支付的行政事業性收費或者政府性基金，以開具的財政票據為合法有效憑證；三、支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明；四、國家稅務總局規定的其他合法有效憑證。
跨年度取得合法有效憑證可以追溯稅前扣除
國家稅務總局公告2011年第34號文件第六條規定，企業當年度實際發生的相關成本、費用，由于各種原因未能及時取得該成本、費用的有效憑證，企業在預繳季度所得稅時，可暫按賬面發生金額進行核算；但在匯算清繳時，應補充提供該成本、費用的有效憑證。即匯算清繳期間如取得合法有效憑證仍可以在企業所得稅前扣除。但是，企業若在年度企業所得稅匯算清繳結束前未取得相關成本、費用有效憑證，而是在匯算清繳結束后取得了有效憑證，又該如何處理呢？
按照國家稅務總局公告2011年第34號文件匯繳期內取得的跨期有效憑證可在成本費用發生年度扣除的規定精神，遵循企業所得稅權責發生制和憑合法有效憑證進行稅前扣除的原則。對于匯繳期過后，取得了以前年度沒有稅前扣除的合法有效憑證，可以追溯到費用發生年度進行稅前扣除。
但要注意兩點：
一是以權責發生制原則確定費用發生年度；二是追溯扣除期限不得超過3年。
企業所得稅法實施條例第九條規定：企業應納稅所得額的計算，以權責發生制為原則，屬于當期的收入和費用，不論款項是否收付，均作為當期的收入和費用；不屬于當期的收入和費用，即使款項已經在當期收付，均不作為當期的收入和費用。據此，企業發生了納稅年度和匯繳期內未取得合法有效憑證的費用后，應先行調增成本、費用發生所屬年度的應納稅所得額，在實際收到發票等合法憑據的年度，再調減原扣除項目所屬年度的應納稅所得額。
稅收征收管理法第五十一條規定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現后應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起3年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。企業因未取得合法有效憑證而造成在費用支出等扣除項目發生的所屬年度多繳的稅款，可在收到發票的年度向稅務機關申請退還以前年度多繳納的稅款，但是時限不得超過3年。
企業扣除追補確認的成本、費用出現虧損的，按企業所得稅法彌補虧損的規定處理。
