2013-11-29各區縣稅務局，市稅務三分局：
根據國家稅務總局印發的《國家稅務總局關于印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發[2008]116號)、《財政部國家稅務總局關于研究開發費用稅前加計扣除有關政策問題的通知》(財稅[2013]70號)和《財政部國家稅務總局關于中關村東湖張江國家自主創新示范區和合蕪蚌自主創新綜合試驗區有關研究開發費用加計扣除試點政策的通知》(財稅[2013]13號)的有關規定，現就具體落實中的有關問題通知如下，請遵照執行。
一、根據《上海市國家稅務局上海市地方稅務局關于轉發<國家稅務總局關于企業所得稅稅收優惠管理問題的補充通知>和本市實施意見的通知》(滬地稅所[2010]26號)的規定，對企業研究開發費用加計扣除事項管理規程進行修訂(附件1)。
二、根據國稅發[2008]116號第十條“企業必須對研究開發費用實行專賬管理”的規定，企業研究開發項目實際發生的研究開發費用支出，應當按照國家統一會計制度，在研發支出類科目下明細核算。對2013年12月31日未完成的企業研究開發項目和2014年1月1日后登記的研究開發項目，自2014年1月1日起建立研究開發費用專賬管理制度，設置“企業研發支出多欄式明細賬匯總表”(附件2)。
集團公司集中研究開發項目需要分攤研究開發費用的，集團公司應按照集中研究開發項目協議或合同的約定，設置“研發支出多欄式明細賬”，歸集全部研究開發費用支出、結轉集團公司應當承擔的部分，確定各成員單位應當分攤的明細費用。各成員單位也應設置“研發支出多欄式明細賬”，記錄本單位應當承擔的研究開發費用。成員單位主管稅務機關根據企業集團主管稅務機關告知的復核結果，編制成員單位集中研究開發項目登記號，并以《企業研發項目登記信息告知書》形式，將研究開發項目登記號告知成員單位。
三、各主管稅務機關應加強企業研究開發項目的核對工作。對無異議或不予登記的項目，向企業出具《企業研發項目登記信息告知書》，告知項目登記號或不予登記的原因(如系集中開發項目，由企業集團主管稅務機關同時抄告本市參與項目研發各成員公司的主管稅務機關)。對有異議的項目，向企業出具《商請政府科技部門出具鑒定意見通知書》，統一受理《企業研究開發項目鑒定意見書》(修訂后樣式見附件3)，每月末由企業所得稅管理部門送相關政府科技部門，并做好回收工作。對政府科技部門出具的鑒定意見，各主管稅務機關一般應予采納；對不予登記和不予采納鑒定意見的項目，要及時會同市局共同研究。對企業跨年度的研發項目，采用一次登記編號的辦法。
四、各主管稅務機關應按照市局《關于轉發《國家稅務總局關于印發＜企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)＞的通知》和本市實施意見的通知》(滬國稅所[2009]14號)、《關于做好企業研究開發費用加計扣除政策落實工作的通知》(滬國稅所[2009]19號)和《關于進一步做好企業研發費加計扣除政策落實工作的通知》(滬國稅所[2010]11號)的有關要求，做好企業建立研究開發費用專賬管理的宣傳輔導工作，確保取得實效。
各主管稅務機關應按照市局與市科委聯合下發的《關于轉發<浦東新區企業研發費用加計扣除操作流程>的通知》(滬地稅所[2012]64號)要求，進一步做好與相關政府科技部門溝通協調工作。
五、本通知從2013年1月1日執行。滬地稅所[2010]26號所附《<企業研究開發費用加計扣除>事項管理規程》和滬國稅所[2009]19號第二條第二款第二項規定相應廢止。
附件下載:rar文件
1.企業研究開發費用加計扣除事項管理規程
2.企業研發支出多欄式明細賬匯總表(樣式)
3.企業研究開發項目鑒定意見書
4.企業研究開發費用項目專賬管理案例。
