要點提示：
新辦法對高新技術企認定條件、申請手續以及后續管理所做變動的解讀；
新老高新技術企業認定條件對比表；
高新技術企業主要存在的七個稅收風險的詳細分析。
第一部分新辦法解析
今年1月底，科技部財政部國家稅務總局聯合發布了修訂完善后的《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火[2016]32號，以下簡稱新辦法），廢止了《科技部、財政部、國家稅務總局關于印發<高新技術企業認定管理辦法>的通知》（國科發火[2008]172號，以下簡稱老辦法）。新辦法對高新技術企認定條件、申請手續、后續管理均有所變化，值得關注。
一、高新技術企業認定條件
（一）條件
新辦法第十一條規定：“認定為高新技術企業須同時滿足以下條件：
1.企業申請認定時須注冊成立一年以上；
2.企業通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用的知識產權的所有權；
3.對企業主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術屬于《國家重點支持的高新技術領域》規定的范圍；
4.企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低于10%；
5.企業近三個會計年度（實際經營期不滿三年的按實際經營時間計算，下同）的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例符合如下要求：
（1）最近一年銷售收入小于5000萬元（含）的企業，比例不低于5%；
（2）最近一年銷售收入在5000萬元至2億元（含）的企業，比例不低于4%；
（3）最近一年銷售收入在2億元以上的企業，比例不低于3%。
其中，企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%；
6.近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%；
7.企業創新能力評價應達到相應要求；
8.企業申請認定前一年內未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。”
（二）變化
1.取消了獲得核心知識產權的年限
一是取消老辦法中“近三年內”獲得知識產權的限制，二是取消老辦法中“5年以上獨占許可”獲得知識產權的方式，一方面鼓勵了企業自主研發，同時也有助于避免知識產權濫用，而企業仍可通過技術轉讓等方式獲得知識產權、促進科技成果轉化和產業化。
2.降低了研發費用的比例
新辦法將最近一年銷售收入小于5000萬元（含）的企業，近三個會計年度研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例由老辦法中的6%降低到5%，將使規模較小、研發投入相對較少的中小企業獲益。
3.降低科研人員的比例
老辦法規定：“具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30%以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10%以上；”新辦法取消了學歷的限制，降低了科研人員比例，有利于企業研發外包。
4.修改了《國家重點支持的高新技術領域》
與原技術領域相比，修訂后的《國家重點支持的高新技術領域》的變化主要體現在以下三個方面：
一是擴充服務業支撐技術。如新增“檢驗檢測認證技術”、“現代體育服務支撐技術”及“智慧城市服務支撐技術”等行業特征明顯的內容；對“研發與設計服務”、“信息技術服務”、“文化創意產業支撐技術”、“電子商務與現代物流技術”等技術領域進行了補充。
二是增加相關領域新技術，淘汰落后技術。如新增“增材制造技術”、“石墨烯材料制備與應用技術”、“重大自然災害監測、預警和應急處置關鍵技術”、“新能源汽車試驗測試及基礎設施技術”等先進技術。同時，排除了落后的產業技術與產品內容。
三是增強內容的規范性和技術特點。突出領域的關鍵技術要求，盡可能去除產業類、產品化描述；加強領域間的協調，避免重復和遺漏；表述上力求準確、精煉、規范、專業。
5.增加兩項條件
企業創新能力評價應達到相應要求，企業申請認定前一年內未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為三項為新增加的內容。
二、高新技術企業申請手續
（一）縮短公示時間
新辦法第十二條第三款將認定企業在“高新技術企業認定管理工作網”上公示的時間由原15個工作日縮短為10個工作日。
（二）稅收優惠備案
《國家稅務總局關于發布<企業所得稅優惠政策事項辦理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2015年第76號）明確企業所得稅稅收優惠一律實行備案管理方式。企業在獲得高新技術企業資格后，不需經過稅務機關審批，按照76號公告要求備案即可，并留存以下備查資料：
1.高新技術企業資格證書；
2.高新技術企業認定資料；
3.年度研發費專賬管理資料；
4.年度高新技術產品（服務）及對應收入資料；
5.年度高新技術企業研究開發費用及占銷售收入比例，以及研發費用輔助賬；
6.研發人員花名冊；
7.省稅務機關規定的其他資料。
三、高新技術企業后續管理
（一）建立隨機抽查制度
放寬認定條件，簡化申請手續，并不等于對高新技術企業放任不管，有關部門對高新技術企業實行隨機抽查和重點檢查。新辦法第十五條規定：“科技部、財政部、稅務總局建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業認定管理工作的監督檢查。對存在問題的認定機構提出整改意見并限期改正，問題嚴重的給予通報批評，逾期不改的暫停其認定管理工作。”
（二）取消證書復核
老辦法第十二條規定：“高新技術企業資格自頒發證書之日起有效期為三年。企業應在期滿前三個月內提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。”新辦法取消了高新技術企業證書復核，改為企業自律，第十三條規定：“企業獲得高新技術企業資格后，應每年5月底前在‘高新技術企業認定管理工作網’填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。”
（三）延長企業發生變化的報告時間
新辦法第十七條規定：“高新技術企業發生更名或與認定條件有關的重大變化（如分立、合并、重組以及經營業務發生變化等）應在三個月內向認定機構報告。經認定機構審核符合認定條件的，其高新技術企業資格不變，對于企業更名的，重新核發認定證書，編號與有效期不變；不符合認定條件的，自更名或條件變化年度起取消其高新技術企業資格。”將老辦法規定的十五日內向認定管理機構報告延長到三個月。
（四）跨地區遷移企業資格繼續有效
新辦法增加跨地區遷移的高新技術企業資格問題，第十八條規定：“跨認定機構管理區域整體遷移的高新技術企業，在其高新技術企業資格有效期內完成遷移的，其資格繼續有效；跨認定機構管理區域部分搬遷的，由遷入地認定機構按照本辦法重新認定。”減輕跨認定機構管理區域遷移的高新技術企業重復認定的負擔。
（五）偷稅不再是取消資格的必要條件
新辦法第十九條第一款規定：“已認定的高新技術企業有下列行為之一的，由認定機構取消其高新技術企業資格：
1.在申請認定過程中存在嚴重弄虛作假行為的；
2.發生重大安全、重大質量事故或有嚴重環境違法行為的；
3.未按期報告與認定條件有關重大變化情況，或累計兩年未填報年度發展情況報表的。”
老辦法除上述三項外，還規定“有偷、騙稅等行為的”應取消高新技術企業資格，新辦法取消了該規定，還取消了“被取消高新技術企業資格的企業，認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請”的規定。
（六）明確了稅務機關追繳稅款
《國家稅務總局關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》（國稅函[2009]203號）第六條規定：“未取得高新技術企業資格、或雖取得高新技術企業資格但不符合企業所得稅法及實施條例以及本通知有關規定條件的企業，不得享受高新技術企業的優惠；已享受優惠的，應追繳其已減免的企業所得稅稅款。”但老辦法對稅務機關如何追繳稅款規定不明確，導致實務中難以操作，新辦法予以明確。
新辦法第十六條規定：“對已認定的高新技術企業，有關部門在日常管理過程中發現其不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優惠。”若稅務機關在日常管理中發現高新技術企業不符合相關條件，應提請認定機構復核，由認定機構取消其高新技術企業資格，并通知稅務機關追繳。
追繳稅款的起點，新辦法第十九條第二款規定：“對被取消高新技術企業資格的企業，由認定機構通知稅務機關按《稅收征管法》及有關規定，追繳其自發生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業稅收優惠。”
