一、出口貨物退（免）稅認定時限不同
生產企業應當自辦理對外貿易經營者備案登記或代理出口協議簽訂之日起30日內到所在地稅務機關辦理出口貨物退（免）稅認定手續。
應稅服務提供者在申報辦理免抵退稅前，應向主管稅務機關辦理出口退（免）稅認定。
二、出口貨物退（免）稅認定提供的資料不同
（一）生產企業出口貨物退（免）稅認定應當提供下列資料：
1、需出示《稅務登記證》（副本）
2、需提供的資料：已辦理備案登記并加蓋備案登記專用章的《對外貿易經營者備案登記表》原件及復印件，沒有出口經營資格的生產企業委托出口貨物的提供代理出口協議原件及復印件；海關自理報關單位注冊登記證明書原件及復印件（無進出口經營資格的生產企業委托出口貨物的不需提供）；外商投資企業提供《中華人民共和國外商投資企業批準證書》原件和復印件；特準退（免）稅的單位和人員還須提供現行有關出口貨物退（免）稅規定要求的其他相關憑證。
（二）應稅服務提供者辦理出口退（免）稅認定時，應提供以下資料：
（1）銀行開戶許可證；
（2）從事水路國際運輸的應提供《國際船舶運輸經營許可證》；從事航空國際運輸的應提供《公共航空運輸企業經營許可證》，且其經營范圍應包括“國際航空客貨郵運輸業務”；從事陸路國際運輸的應提供《道路運輸經營許可證》和《國際汽車運輸行車許可證》，且《道路運輸經營許可證》的經營范圍應包括“國際運輸”；從事對外提供研發設計服務的應提供《技術出口合同登記證》。
三、適用免抵退稅的企業范圍不同
出口貨物適用免抵退稅的企業范圍僅限于具有增值稅一般納稅人資格而且具有實際生產能力的生產企業和生產性企業集團公司。
應稅服務提供者不僅要具有增值稅一般納稅人資格，而且還必須提供適用零稅率的應稅服務，即提供國際運輸服務、向境外單位提供的研發服務和設計服務。
需要說明的是，在營業稅改征增值稅的試點地區的具有增值稅一般納稅人資格的生產企業和生產性企業集團公司，其出口貨物仍然依照生產企業出口貨物免抵退稅進行管理。
四、適用免抵退稅的出口范圍不同
生產企業貨物出口到規定的海關特殊監管區（不含一般保稅區），適用免抵退稅辦法。
應稅服務提供者從境內載運旅客或貨物至國內海關特殊監管區域及場所、從國內海關特殊監管區域及場所載運旅客或貨物至國內其他地區以及在國內海關特殊監管區域內載運旅客或貨物，不屬于國際運輸服務。
應稅服務提供者向國內海關特殊監管區域內單位提供研發服務、設計服務不實行免抵退稅辦法，應按規定征收增值稅。
五、免抵退稅額的計算依據不同
生產企業出口貨物是按照出口貨物報關出口的離岸價格計算免抵退稅額，出口貨物的運保傭等FOB價外收取的其他費用，不得作為計算依據計算免抵退稅額。
應稅服務是按照提供零稅率應稅服務取得的全部價款扣除支付給非試點納稅人價款后的余額計算免抵退稅額，提供應稅服務取得的價款和其他價外費用全部作為計算依據計算免抵退稅額，當然支付給非試點地區納稅人的價款，應當從全部價款中扣除后的余額作為計算免抵退稅額的依據。
六、計算免抵退稅額適用的出口退稅率不同
生產企業出口貨物計算免抵退稅額的退稅率是出口貨物商品編碼對應的出口退稅率，是按國家稅務總局下發的出口退稅率文庫來執行的。
應稅服務計算免抵退稅額的退稅率是其在境內提供對應服務的增值稅稅率，即國際運輸適用11%的退稅率，研發服務和設計服務適用6%的退稅率。
七、免抵退稅不得免征和抵扣稅額計算不同
生產企業出口貨物往往由于征退稅率存在差異，因而生產企業出口貨物征退稅率之差部分要計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
應稅服務由于征退稅率完全相同，因而不存在征退稅率之差，從而也不需要計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
八、免抵退稅額的計算時間不同
生產企業出口貨物必須要在規定的免抵退稅申報單證信息齊全的條件下，才能計算申報辦理免抵退稅額。
應稅服務的免抵退稅，由于不需要出口貨物報關單和收匯核銷單及其相關信息，因而只要申報憑證收齊就能計算申報辦理免抵退稅額。
九、免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額計算不同
生產企業出口貨物采取進料加工貿易方式使用保稅進口料件的，應當分別計算免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額，在抵減的基礎上分別計算免抵退稅額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額。
應稅服務提供者由于不能采取進料加工貿易方式，因而不能計算免抵退稅額抵減額。
十、免抵退稅申報期限不同
生產企業應當在貨物報關出口之日（以出口貨物報關單〈出口退稅專用〉上注明的出口日期為準，下同）起90日內，向退稅部門申報辦理出口貨物退（免）稅手續。生產企業出口貨物未在報關出口90日內提供出口報關單申報辦理退（免）稅手續的，如果其到期之日超過了當月的免抵退稅申報期，稅務機關可暫不按視同內銷貨物予以征稅。生產企業有特殊困難不能按期辦理出口退（免）稅申報的，可在規定的申報期限內，可提出書面合理理由，經地市以上（含地市）稅務機關核準后，在核準的期限內申報辦理退（免）稅。
應稅服務提供者應于收入之日次月起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期內收齊有關憑證，向主管稅務機關如實申報免抵退稅。
十一、每月免抵退稅申報期限不同
生產企業在貨物出口并按會計制度的規定在財務上做銷售后，先向主管征稅機關的征稅部門或崗位辦理增值稅納稅和免抵退稅申報，并向主管征稅機關的退稅部門或崗位辦理退稅申報。退稅申報期為每月1—15日（逢節假日順延）
應稅服務提供者在提供零稅率應稅服務，并在財務作銷售收入次月（按季度進行增值稅納稅申報的為次季度，下同）的增值稅納稅申報期內，向主管稅務機關辦理增值稅納稅和免抵退稅相關申報。
十二、免抵退稅申報資料不同
（一）生產企業向征稅機關的退稅部門或崗位辦理“免、抵、退”稅申報時，應提供下列憑證資料：
1、《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報匯總表》；
2、《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報明細表》；
3、經征稅部門審核簽章的當期《增值稅納稅申報表》；
4、有進料加工業務的還應填報：
（1）《生產企業進料加工登記申報表》；
（2）生產企業進料加工進口料件申報明細表》；
（3）《生產企業進料加工海關登記手冊核銷申請表》；
（4）《生產企業進料加工貿易免稅證明》；
5、裝訂成冊的報表及原始憑證：
⑴《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報明細表》；
⑵與進料加工業務有關的報表；
⑶加蓋海關驗訖章的出口貨物報關單（出口退稅專用）；
⑷經外匯管理部門簽章的出口收匯核銷單（出口退稅專用）或有關部門出具的遠期收匯證明；
⑸代理出口貨物證明；
⑹企業簽章的出口發票；
⑺主管退稅部門要求提供的其他資料。
（二）提供國際運輸的零稅率應稅服務提供者辦理增值稅免抵退稅申報時，應提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報匯總表》及其附表；
⒉《零稅率應稅服務（國際運輸）免抵退稅申報明細表》；
⒊當期《增值稅納稅申報表》；
⒋免抵退稅正式申報電子數據；
⒌下列原始憑證：
⑴零稅率應稅服務的載貨、載客艙單（或其他能夠反映收入原始構成的單據憑證）；
⑵提供零稅率應稅服務的發票；
⑶主管稅務機關要求提供的其他憑證；
上述第⑴、⑵項原始憑證，經主管稅務機關批準，可留存零稅率應稅服務提供者備查。
（三）對外提供研發、設計服務的零稅率應稅服務提供者辦理增值稅免抵退稅申報時，應提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報匯總表》及其附表；
⒉《應稅服務（研發、設計服務）免抵退稅申報明細表》；
⒊當期《增值稅納稅申報表》；
⒋免抵退稅正式申報電子數據；
⒌下列原始憑證：
⑴與零稅率應稅服務收入相對應的《技術出口合同登記證》復印件；
⑵與境外單位簽訂的研發、設計合同；
⑶提供零稅率應稅服務的發票；
⑷《向境外單位提供研發、設計服務收訖營業款明細清單》；
⑸從與簽訂研發、設計合同的境外單位取得收入的收款憑證；
⑹主管稅務機關要求提供的其他憑證。
十三、免抵退稅申報流程不同
生產企業出口貨物應當先辦理免抵退稅預申報，主要查詢計算免抵退稅額的相關信息，辦理免抵退稅預申報后再辦理增值稅納稅申報，在此基礎上最后辦理免抵退稅的正式申報。
由于應稅服務計算免抵退稅額，不需要出口報關單和出口收匯核銷單等相關電子信息，因而也就不需要辦理免抵退稅預申報，應稅服務提供者可以同時向主管稅務機關辦理增值稅納稅和免抵退稅相關申報。
十四、主管稅務機關審核辦理免抵退稅不同
（一）生產企業出口免抵退稅審核
生產企業出口貨物免抵退稅，主管稅務機關應當依照《國家稅務總局關于印發<出口貨物退（免）稅管理辦法（試行）>的通知》（國稅發[2005]51號）規定進行審核，即在人工單證審核的基礎上還需進行計算機審核。
人工單證審核是指稅務機關受理出口商出口貨物退（免）稅申報后，應在規定的時間內，對申報憑證、資料的合法性、準確性進行審查，并核實申報數據之間的邏輯對應關系。計算機審核是指在對申報的出口貨物退（免）稅憑證、資料進行人工審核后，稅務機關應當使用出口貨物退（免）稅電子化管理系統進行計算機審核，將出口商申報出口貨物退（免）稅提供的電子數據、憑證、資料與國家稅務總局及有關部門傳遞的出口貨物報關單、出口收匯核銷單、代理出口證明、增值稅專用發票、消費稅稅收（出口貨物專用）繳款書等電子信息進行核對。
生產企業出口貨物免抵退稅，經稅務機關審核審批通過，應當依照規定辦理免抵退稅。
（二）應稅服務免抵退稅審核
主管稅務機關在接受零稅率應稅服務提供者免抵退稅申報后，應在下列內容人工審核無誤后，使用出口退稅審核系統進行審核。在審核中如有疑問的，可抽取企業進項增值稅發票進行發函調查或核查。
1、對于提供國際運輸的零稅率應稅服務提供者，主管稅務機關可從零稅率應稅服務提供者申報中抽取若干申報記錄審核以下內容：
（1）所申報的國際運輸服務是否符合國家稅務總局公告2012年第13號第一條規定；
（2）所抽取申報記錄申報應稅服務收入是否小于等于該申報記錄所對應的載貨或載客艙單上記載的國際運輸服務收入。
2、對于提供研發、設計服務的零稅率應稅服務提供者審核以下內容：
（1）企業所申報的研發、設計服務是否符合國家稅務總局公告2012年第13號第一條規定；
（2）研發、設計合同簽訂的對方是否為境外單位；
（3）應稅服務收入的支付方是否為與之簽訂研發、設計合同的境外單位；
（4）申報應稅服務收入是否小于等于從與之簽訂研發、設計合同的境外單位的取得的收款金額。
3、對應稅服務提供者按國家稅務總局公告2012年第13號第七條規定提供的憑證資料齊全的，主管稅務機關在經過出口退稅審核系統審核通過后，辦理退稅，退稅資金由中央金庫統一支付。
十五、新發生業務免抵退稅的管理不同
（一）生產企業
新發生出口業務的生產企業是指自發生首筆出口業務之日起未滿12個月的生產企業。
根據國稅發[2003]139號規定，注冊開業時間在一年以上的新發生出口業務的企業（小型出口企業除外），經地市稅務機關核實確有生產能力并無偷稅行為及走私、逃套匯等違法行為的，可實行統一的按月計算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據國稅發[2003]139號文規定，新成立的內外銷，銷售額之和超過500萬元（含）人民幣，且外銷銷售額占其全部銷售額的比例超過50%（含）的生產企業，如在自成立之日起12個月內不辦理退稅確有困難的，在從嚴掌握的基礎上，經省、自治區、直轄市國家稅務局批準，可實行統一的按月計算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據財稅[2002]7號文規定，除上述兩種情形以外的其他新發生出口業務的企業發生的應退稅額，退稅審核期為12個月。根據國稅發[2006]102號文規定，自2006年7月1日（以出口貨物報關單上的出口日期為準）起，退稅審核期為12個月的新發生出口業務的生產企業，在審核期間出口的貨物，應按統一的按月計算免、抵、退稅的辦法分別計算免抵稅額和應退稅額。稅務機關對審核無誤的免抵稅額可按現行規定辦理調庫手續，對審核無誤的應退稅額暫不辦理退庫；可在退稅審核期滿后的當月對上述各月審核無誤的應退稅額一次性退給企業。
（二）應稅服務
新發生應稅服務的零稅率應稅服務提供者（以下簡稱新零稅率應稅服務提供者），自發生首筆零稅率應稅服務之日（國際運輸企業以提單載明的日期為準，對外提供研發、設計服務企業以收款憑證載明日期的月份為準）起6個月內提供的零稅率應稅服務，按月分別計算免抵稅額和應退稅額。稅務機關對6個月內各月審核無誤的應退稅額在當月暫不辦理退庫，在第7個月將各月累計審核無誤的應退稅額一次性辦理退庫。自第7個月起，新零稅率應稅服務提供者提供的零稅率應稅服務，實行按月申報辦理免抵退稅。
新零稅率應稅服務提供者是指，在營業稅改征增值稅試點以前，未發生過國家稅務總局公告2012年第13號第一條所列的零稅率應稅服務的零稅率應稅服務提供者。零稅率應稅服務提供者在辦理出口退（免）稅認定時，應向主管稅務機關提供證明在營業稅改征增值稅試點以前發生過零稅率應稅服務的資料，不能提供的，主管稅務機關認定為新零稅率應稅服務提供者。
