申請退還多繳稅款權（以下簡稱申請退稅權）是納稅人對自身多繳的、超過法律規定應繳稅款的部分，有依法要求退還的權利。本文以一起跨地區經營匯總納稅企業多繳退稅糾紛案為例，探討相關問題。
案例
乙公司是甲公司下屬分公司，屬于跨地區經營匯總納稅企業，企業所得稅采取分季預繳的方式，由甲公司所在地A稅務機關核定預繳額。2011年9月乙公司向B稅務機關預繳企業所得稅60萬元，當年因經營不善未實現企業所得稅，企業所得稅匯總清算后，乙公司對多繳的稅款同意抵繳下一年度應繳稅款，2012年～2013年度甲公司均未實現企業所得稅。2013年10月10日，乙公司申請注銷稅務登記，B機關為其辦理了注銷手續。2015年6月，甲公司申請注銷稅務登記，A機關在稅務清算時，認定已注銷的乙公司多繳60萬元企業所得稅。2015年8月，甲公司根據A機關出具的稅收清算結論，向B機關提出退稅申請。B機關認為，乙公司已經注銷，且多繳的稅款已過3年，根據征管法第五十一條規定，申請退稅的時效屆滿。
甲公司申辯：因企業所得稅實行法人所得稅制度，其作為總機構對已注銷的分支機構，多繳的企業所得稅應享有申請退還稅款權。對于多繳的稅款，《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）規定，各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳。依此規定，由甲公司匯總清算，乙公司不進行匯算清繳。2012年度匯總清算時，根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）規定，乙公司對于多繳的稅款選擇抵繳以后年度稅款。在B機關為乙公司辦理注銷稅務登記時，依征管法實施細則第十六條規定，納稅人在辦理注銷稅務登記前，應當向稅務機關結清應納稅款。而事實上，B機關未進行企業所得稅清算，直到A機關對甲公司稅收清算時，才確認多繳了稅款。因此，結算繳納稅款之日為2013年10月10日，根據規定退稅申請時效未屆滿，對乙公司多繳的稅款應予以退還。
B機關回復，乙公司預繳稅款的結算日是2012年5月30日，多繳的稅款應根據國稅發〔2008〕28號文件第二十二條第二款規定，由甲公司所在地主管稅務機關辦理退庫，于是做出不予退庫的決定。甲公司不服，申請稅務行政復議。法理分析國家稅務總局公告2012年第57號第三條 規定，匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法，這類企業的多繳稅款退庫，其申請退稅權的發生、實現和消滅具有獨立特性，分析如下。
申請退稅權的發生：按照稅收法定原則，稅款繳納沒有法律原因，申請退稅權就應即時發生。如果預繳的稅款未經稅收核定，申請退稅權也應即時發生；如果預繳的稅款進行了稅收核定，申請退稅權何時發生，就會因法律原因的不同而有所區別。依據行政法的一般理論，稅收核定一經作出就會產生拘束力，除非存在重大且明顯的瑕疵而無效，否則，即便存在違法情節，納稅人仍有義務遵守，此時，納稅人是遵守行政程序所確定的義務。企業所得稅實施條例第一百二十八條規定，企業所得稅分月或者分季預繳，由稅務機關具體核定。57號公告第七條規定，由總機構所在地主管稅務機關具體核定。因此，匯總納稅企業的預繳核定具有形式效力，成為繳納稅款的法律原因，只有預繳核定被撤銷、廢棄或匯總清算后，預繳稅款才會缺法律原因，申請退稅權才會發生。
申請退稅權的實現：當然，有人會問，如果預繳核定是違法的行政行為，申請退稅權如何實現？筆者認為，按照行政法的一般法理，并基于法律安定性的要求，違法的預繳核定不是無效則為有效，在其被撤銷或者廢棄之前，不僅對納稅人具有拘束力，對稅務機關同樣具有拘束力。無論是稅務機關發現納稅人多繳稅款，還是納稅人自己發現多繳稅款，在稅收退還之前必須先撤銷或廢棄原有的預繳核定。因此，撤銷或廢棄預繳核定或者匯總清算，成為匯總納稅企業多繳稅款退庫的前提。
申請退稅權的消滅：由于企業經營的連續性與所得稅按年匯總清算的周期性，抵銷實際成為匯總納稅企業申請退稅權最為普遍的消滅途徑。除此之外，由于時效屆滿，申請退稅權的消滅或無法行使，也是一種比較重要的形式。
抵消：預繳稅款是為擔保納稅義務的履行，其本身并不是一項獨立的實體法義務，從預繳稅款之日起就享有申請退稅權。不過，匯總納稅企業不能申請退還，這是因為，其依照法律規定進行預繳，只能在匯總清算確定應納稅額之后用于彼此的抵銷。對于抵銷之后預繳稅款仍然多出的部分，可以申請退還，也可以考慮留待下一年度抵銷。例如，57號公告第十條規定，匯總納稅企業在納稅年度內預繳企業所得稅稅款超過應繳稅款的，經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。
時效：從征管法第五十一條的規定來看，納稅人發現多繳稅款申請退還，應自結算繳納稅款之日起3年內進行，稅務機關發現納稅人多繳稅款并主動退還，似乎不受期間限制，這說明申請時效屆滿后，納稅人申請退稅的實體權繼續存在。3年時效屆滿后，納稅人申請退稅的程序權利消滅，但實體權利依然存在，稅務機關主動退還，納稅人仍然有權接受，不會因申請期間屆滿而構成不當得利。
案情分析
本案中，乙公司按稅務機關的稅收核定預繳企業所得稅，此后，稅務機關的預繳核定未撤銷也未變更，在企業所得稅的年納稅周期內，對乙公司具有拘束力并產生法律效力，乙公司每年因此產生稅款繳納義務。盡管匯總清算后，乙公司可以申請退還多繳的稅款，但是，根據征管法實施細則第七十九條規定，當納稅人既有應退稅款又有欠繳稅款的，稅務機關可以將應退稅款和利息先抵扣欠繳稅款。此時，乙公司選擇抵繳下一年度應繳稅款符合稅法的要求。2013年10月10日，B機關為乙公司辦理注銷稅務登記，未進行企業所得稅清算，因此，乙公司申請多繳退庫的起始時間應從2013年10月10日開始計算。
關于是否適用國稅發〔2008〕28號文件問題。57號公告從2013年1月1日起施行，國稅發〔2008〕28號文件同時廢止，該公告第十條第二款規定，預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定分別辦理退稅。乙公司在匯總清算后，對于多繳的稅款選擇了抵繳，爾后B機關對多繳的稅款既未退還，也未告知其權利。另外，由上可知，乙公司申請多繳退庫的起始時間為2013年10月10日。因此，按照實體法從舊、程序法從新的原則，應執行57號公告。
時效屆滿的退稅問題。A機關在2015年確認乙公司多繳稅款，依征管法第五十一條規定，B機關核實后應立即退還。假如乙公司多繳的稅款，如B機關所主張的3年期限屆滿，此時，乙公司申請退庫的程序權利消滅，但其實體權利不受影響，B機關發現后仍可以主動退還。從依法行政的角度看，即便納稅人已經超過申請期限，無權申請退還稅款，但是，納稅人的申請仍然可以為稅務機關提供有益的信息，如果稅務機關認為納稅人反映的情況屬實，還是應當依職權及時退還稅款。
復議委員會經過反復討論，最終做出準予退庫的審理意見。
