按照上述文件規(guī)定，納稅人未在規(guī)定期限內(nèi)認(rèn)證申報抵扣進項稅的，其進項稅額不得抵扣。考慮到實際執(zhí)行中的特殊問題，國家稅務(wù)總局規(guī)定有兩種情況可以繼續(xù)抵扣進項稅額，應(yīng)引起納稅人的注意。
第一、增值稅扣稅憑證已認(rèn)證或已采集上報信息，但未按照規(guī)定期限申報抵扣的，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第78號）規(guī)定，增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認(rèn)證或已采集上報信息但未按照規(guī)定期限申報抵扣；實行納稅輔導(dǎo)期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關(guān)進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結(jié)果相符但未按規(guī)定期限申報抵扣，屬于發(fā)生真實交易且屬客觀原因的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核，允許納稅人繼續(xù)申報抵扣其進項稅額。
客觀原因包括如下類型：
1.因自然災(zāi)害、社會突發(fā)事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣；
2.有關(guān)司法、行政機關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押、封存納稅人賬簿資料，導(dǎo)致納稅人未能按期辦理申報手續(xù)；
3.稅務(wù)機關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，導(dǎo)致納稅人未能及時取得認(rèn)證結(jié)果通知書或稽核結(jié)果通知書，未能及時辦理申報抵扣；
4.由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致未能按期申報抵扣；
5.國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。
第二，增值稅扣稅憑證未認(rèn)證或未采集上報信息，且逾期即超期申報扣稅憑證的，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第50號）規(guī)定，增值稅一般納稅人發(fā)生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核、逐級上報，由國家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進項稅額。
上述所說客觀原因如下：
1.因自然災(zāi)害、社會突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
2.增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導(dǎo)致逾期；
3.有關(guān)司法、行政機關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務(wù)，或者稅務(wù)機關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，未能及時處理納稅人網(wǎng)上認(rèn)證數(shù)據(jù)等導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；
4.買賣雙方因經(jīng)濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務(wù)登記的時間過長，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；
5.由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；
6.國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。
