《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）發出后，購進農產品扣除進項稅額的問題受到納稅人的廣泛關注。
根據財稅〔2016〕36號文件附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第二十五條、第二十六條及增值稅暫行條例的相關規定，購進農產品，取得的增值稅扣稅憑證除增值稅專用發票和海關進口增值稅專用繳款書外，還有農產品收購發票、農產品銷售發票。可以按照農產品收購發票或者銷售發票上注明的農產品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。計算公式為：進項稅額＝買價×扣除率。買價，指納稅人購進農產品在農產品收購發票或者銷售發票上注明的價款和按照規定繳納的煙葉稅。但是扣稅憑證不符合法律、行政法規和國家稅務總局有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
目前，很多納稅人在沒搞清購進的貨物是否屬于農產品的情況下，不注意取得的增值稅扣稅憑證是否合法，隨意計算抵扣農產品進項稅額，那么，如何防范和降低其中的稅收風險呢？
第一步，分清購進的貨物是否屬于農產品。
根據《財政部、國家稅務總局關于印發〈農業產品征稅范圍注釋〉的通知》（財稅字〔1995〕52號）附件《農業產品征稅范圍注釋》規定，農業產品指種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品。除了注釋列舉種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品外，需要特別注意以下三處：（1）注釋中規定“也屬于本貨物的征稅范圍”的貨物是屬于農產品。（2）注釋中規定“不屬于本貨物的征稅范圍”的貨物不屬于農產品。（3）注釋中提及經過簡單加工工序的貨物仍屬于農產品。
如果屬于農產品的貨物，分不同情況處理：（1）從一般納稅人購進農產品取得增值稅專用發票的，憑專用發票開具的稅額抵扣。（2）進口農產品取得海關進口增值稅專用繳款書的，憑繳款書開具的稅額抵扣。（3）從小規模納稅人（包括農業生產單位）購進農產品取得農產品銷售發票的，按照財稅〔2016〕36號文件附件1規定的計算公式進行進項稅額抵扣。（4）從農業生產者（農民）收購農產品，自行開具農產品銷售收購發票的，也按照財稅〔2016〕36號文件附件1的計算公式進行進項稅額抵扣。
如果不屬于農產品的貨物，那么，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國家稅務總局有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
第二步，注意流通環節的免稅農產品。
根據《財政部、國家稅務總局關于免征蔬菜流通環節增值稅有關問題的通知》（財稅〔2011〕137號）、《財政部、國家稅務總局關于免征部分鮮活肉蛋產品流通環節增值稅政策的通知》（財稅〔2012〕75號）兩個文件的規定，從事農產品批發、零售的納稅人銷售的蔬菜、部分鮮活肉蛋產品，享受免征增值稅政策。從這些商貿納稅人購進蔬菜、部分鮮活肉蛋產品只能取得普通發票即農產品銷售發票，但這類農產品銷售發票不能作為抵扣進項稅額的憑證，也就是說不能抵扣上述農產品的進項稅額。除非銷售方納稅人放棄免稅，開具增值稅專用發票或農產品銷售發票，購進農產品才可抵扣進項稅額。
第三步，不要誤解農產品的特殊規定。
有不少納稅人，引用《國家稅務總局關于農戶手工編織的竹制和竹芒藤柳坯具征收增值稅問題的批復》（國稅函〔2005〕56號）的規定，“農民個人自產或購買竹、芒、藤、木條等，再通過手工簡單編織成竹制或竹芒藤柳混合坯具的，屬于自產農業初級產品”，購進這些貨物時，可以抵扣進項稅額。其實，他們忽視了文件中規定適用對象是“竹器企業”。也就是說，這個文件跟除竹器生產、經營企業外其他企業沒有關系。因此，納稅人不要張冠李戴。
