方案分析：
方案一、銷售貨物并負責運輸。
金山商貿企業銷售煤炭并負責運輸，“營改增”前稱為“混合銷售”，“營改增”后，根據《財政部、國家稅務總局關于在上海市開展交通運輸業和部分現代服務業改征增值稅試點的通知》（財稅〔2011〕111號）《交通運輸業和部分現代服務業改征增值稅試點有關事項的規定》（以下簡稱《試點事項規定》）第一條第一項的規定，納稅人兼有不同稅率或者征收率的銷售貨物、提供加工修理修配勞務或者應稅服務稱為“混業經營”。對于“混業經營”稅收政策規定，納稅人提供適用不同稅率或者征收率的應稅勞務，應當分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額。因此，公司銷售煤炭并負責運輸，只需分別核算，分別繳納增值稅。銷售煤炭的銷項稅918萬元（5400萬元×17%），煤炭的進項稅765萬元（4500萬元×17%），煤炭應納增值稅=153萬元（918萬元-765萬元，下同）；兼有運輸業的銷項稅=4000×11%=440萬元，汽車耗用的油料及零配件的進項稅為170萬元，運輸業應納增值稅=270萬元（440萬元-170萬元），“混業經營”的應納增值稅合計=423萬元（煤炭應納增值稅153萬元 運輸業應納增值稅270萬元），公司的稅負為4.50%（423萬元÷9400萬元×100%）。如汽車為新購的，還可以抵扣稅金，稅負還能降低一點，不過影響企業稅負是過路費無法抵扣。
方案二、銷售貨物并負責運輸，將獨自運輸改為與非試點地區的運輸單位（個人）聯運。
《試點事項規定》第一條第三項規定，試點納稅人提供應稅服務，按照國家有關營業稅政策規定差額征收營業稅的，允許其以取得的全部價款和價外費用，扣除支付給非試點納稅人（指試點地區不按照《試點實施辦法》繳納增值稅的納稅人和非試點地區的納稅人）價款后的余額為銷售額。根據上述規定，企業可以將“混業經營”中的兼有運輸業改為聯運，陜西境內至河南西峽縣境內的運輸由北方非試點地區的運輸部門（個人）聯運，聯運價為3600萬元（360/噸×10萬噸），河南西峽至湖北中部地區由金山公司運輸，運價為400萬元（40元/噸×10萬噸）。煤炭應納增值稅153萬元，運輸的銷項稅=4000×11%=440萬元，金山公司的汽車耗用的油料及零配件的進項稅為17萬元（金山公司完成聯運的10%，進項稅折算=170萬元×10%，下同）。非試點地區的聯運方開具的普通運輸發票稅法規定是扣除銷售額的，但在賬務處理是按扣稅法進行的，因此，按聯運方開具普通運輸發票計算營改增抵減的銷項稅額，即396萬元（3600萬元×11%），運輸業應納增值稅=27萬元（440萬元-17萬元-396萬元），“混業經營”應納增值稅=180萬元（153萬元 27萬元），企業的稅負為1.91%（180萬元÷9400萬元×100%）。聯運后金山公司運力多了，車輛可從事其它工作，也可出售車輛。
方案三、銷售貨物并負責運輸，用試點地區一般納稅人聯運。
選擇試點地區一般納稅人聯運，金山公司的稅負與方案二是一樣的（1.91%），在此不在重復。
方案四、銷售貨物并負責運輸，用試點地區的小規模納稅人聯運。
如聯運方為小規模納稅人（n個），根據《試點事項規定》第一條第四項規定，試點納稅人接受試點納稅人中的小規模納稅人提供的交通運輸業服務，按照取得的增值稅專用發票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額的規定，聯運方開具的3600萬元貨運業增值稅專用發票按照7%計算的進項稅額=252萬元（為了計算方便，不含稅價通常沒有還原為含稅價，下同），金山公司進項稅為17萬元，運輸業的銷項稅=4000×11%=440萬元，運輸應納增值稅=171萬元（440萬元-17萬元-252萬元）；煤炭應納稅為153萬元，“混業經營”應納稅=324萬元（煤炭153萬元 運輸171萬元），稅負率為3.45%（324萬元÷9400萬元×100%）。
從上述計算分析來看：如按稅負比較，方案二、方案三最好，稅負率只有1.91%，方案一稅負最高為4.5%，最高與最低相差2.59個百分點。表面上看，方案三與方案二是一樣的稅負，因方案三的聯運方是增值稅一般納稅人，其稅負比較高的，如聯運方完成3600萬元的運輸額，占90%，應納稅=243萬元（運輸業應納稅270萬元×90%），如將金山公司及聯運方的應納稅合計=423萬元（煤炭153萬元 金山公司運輸27萬元 聯運方運輸243萬元），稅負也在4.50%，與方案一是一樣的。方案二采用聯運方式，利用聯運單位的低稅負（3%），可以化解高速公路的過路費不能抵扣的“硬傷”。總之，納稅人銷售貨物收取運費，要根據實際情況進行稅務籌劃，如購買方享受優惠政策就一定要協商購買方承擔運費，選用方案二執行；如果沒有運力可以購買少量運輸工具，大量的運輸由聯運方完成，這樣就可降低稅負。還有，如果全面推廣“營改增”，銷售貨物并收取運費時，如一般納稅人的大量的過路費不能抵扣，導致稅負高，還不如用方案四好，即用小規模納稅人聯運。總之，銷售貨物收取運費要具體問題具體分析。
