除通用定額發票、客運發票和二手車銷售統一發票外，一般納稅人和小規模納稅人發生增值稅業務對外開具發票應當使用專用設備開具。
【特別提示】推廣新系統不影響原主機共享服務系統的使用。按照19號公告的規定，一般納稅人和小規模納稅人自愿選擇使用增值稅稅控主機共享服務系統開具增值稅發票，任何稅務機關和稅務人員不得強制納稅人使用。《國家稅務總局關于印發〈增值稅防偽稅控主機共享服務系統管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2003〕67號）第五條規定，稅務代理機構收取的開票費用，每張發票最高不超過5元。這一規定被19號公告予以廢止。
3.發票使用
新系統推廣后，一般納稅人銷售貨物、提供應稅勞務和應稅服務開具增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票和增值稅普通發票。小規模納稅人銷售貨物、提供應稅勞務和應稅服務開具增值稅普通發票。
稅務機關為小規模納稅人代開增值稅專用發票和貨物運輸業增值稅專用發票，按照《國家稅務總局關于印發〈稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發〔2004〕153號）和《國家稅務總局關于在全國開展營業稅改征增值稅試點有關征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第39號）有關規定執行。
一般納稅人和小規模納稅人從事機動車（舊機動車除外）零售業務開具機動車銷售統一發票。
通用定額發票、客運發票和二手車銷售統一發票繼續使用。
納稅人使用增值稅普通發票開具收購發票，系統在發票左上角自動打印“收購”字樣。
升級版可以實現一套稅控系統同時可開具增值稅專用發票、增值稅普通發票、貨物運輸業增值稅專用發票和機動車銷售統一發票。
【特別提示】19號公告發布后，網絡上出現一種說法，就是小規模納稅人在使用新系統后，不需要到主管稅務機關申請代開增值稅專用發票了，可以通過專用設備自行開具3%的增值稅專用發票。我們理解，這是一種嚴重誤讀。19號公告并未授權小規模納稅人通過專用設備自行開具增值稅專用發票，小規模納稅人自行開具增值稅專用發票屬于增值稅暫行條例第二十一條明確禁止的行為，在增值稅暫行條例正式修改前仍應維持現狀。
4.發票開具
新系統的發票開具方式包括在線開票和離線開票，在線開票為原則，離線開票為例外。19號公告要求，納稅人應在互聯網連接狀態下在線使用增值稅發票系統升級版開具發票。增值稅發票系統升級版可自動上傳已開具的發票明細數據。
納稅人因網絡故障等原因無法在線開票的，在稅務機關設定的離線開票時限和離線開具發票總金額范圍內仍可開票，超限將無法開具發票。納稅人開具發票次月仍未連通網絡上傳已開具發票明細數據的，也將無法開具發票。納稅人需連通網絡上傳發票數據后方可開票，若仍無法連通網絡的需攜帶專用設備到稅務機關進行征期報稅或非征期報稅后方可開票。
納稅人已開具未上傳的增值稅發票為離線發票。離線開票時限，指自第一份離線發票開具時間起開始計算可離線開具的最長時限。離線開票總金額，指可開具離線發票的累計不含稅總金額，離線開票總金額按不同票種分別計算。納稅人離線開票時限和離線開票總金額的設定標準及方法由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國稅局確定。
按照有關規定不使用網絡辦稅或不具備網絡條件的特定納稅人，以離線方式開具發票，不受離線開票時限和離線開具發票總金額限制。特定納稅人的相關信息由主管稅務機關在綜合征管系統中設定，并同步至增值稅發票系統升級版。
【特別提示】新系統已經實現了網絡報稅功能，大大減輕了納稅人的申報工作量。使用新系統后，納稅人應在納稅申報期內將上月開具發票匯總情況通過增值稅發票系統升級版進行網絡報稅。特定納稅人不使用網絡報稅，需攜帶專用設備和相關資料到稅務機關報稅。除特定納稅人外，使用增值稅發票系統升級版的納稅人，不再需要到稅務機關報稅，原使用的網上報稅方式停止使用。一般納稅人發票認證、稽核比對、納稅申報等涉稅事項仍按照現行規定執行。
5.紅票開具
申請開具紅字增值稅專用發票的審核屬于非行政許可審批項目。為落實國務院進一步深化行政審批制度改革的要求，提高辦稅效率，國家稅務總局決定取消申請開具紅字增值稅專用發票的審核。在這次的“升級版”中，已經實現納稅人通過網絡或辦稅服務廳將擬開具紅字專用發票數據采集錄入系統，系統自動進行數據邏輯校驗，通過校驗后生成開具紅字專用發票信息表編號，納稅人即可開具紅字專用發票，將不再需要稅務機關審核后出具通知單的程序。
一般納稅人開具增值稅專用發票或貨物運輸業增值稅專用發票（以下統稱專用發票）后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止以及發票抵扣聯、發票聯均無法認證等情形但不符合作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，暫按以下方法處理：
1.專用發票已交付購買方的，購買方可在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》或《開具紅字貨物運輸業增值稅專用發票信息表》（以下統稱《信息表》）。《信息表》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證（所購貨物或服務不屬于增值稅扣稅項目范圍的除外）。經認證結果為“認證相符”并且已經抵扣增值稅進項稅額的，購買方在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與《信息表》一并作為記賬憑證；經認證結果為“無法認證”、“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”，以及所購貨物或服務不屬于增值稅扣稅項目范圍的，購買方不列入進項稅額，不作進項稅額轉出，填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收的，銷售方應于專用發票認證期限內在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《信息表》。
2.主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過后，生成帶有“紅字發票信息表編號”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統中。
3.銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在增值稅發票系統升級版中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《信息表》一一對應。
4.納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統校驗。
5.已使用增值稅稅控系統的一般納稅人，在納入升級版之前暫可繼續使用《開具紅字增值稅專用發票申請單》。
【特別提示】稅務機關為小規模納稅人代開專用發票需要開具紅字專用發票的，按照一般納稅人開具紅字專用發票的方法處理。納稅人需要開具紅字增值稅普通發票的，可以在所對應的藍字發票金額范圍內開具多份紅字發票。紅字機動車銷售統一發票需與原藍字機動車銷售統一發票一一對應。
對于專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收，需要開具紅字專用發票的，不再需要銷售方向主管稅務機關填報申請單，并在申請單上填寫具體原因，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料或者提供由銷售方出具的寫明具體理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料。
