隨后，國家稅務總局又出臺《關于貨物貿易外匯管理制度改革試點后有關出口退稅問題的通知》（國稅函[2011]643號，下稱“通知”），明確取消出口收匯核銷單后的政策規定。
根據《通知》要求，試點地區企業申報出口退（免）稅時，不用向外匯管理部門辦理出口收匯核銷手續，也不必向稅務部門提供紙質的出口收匯核銷單以及相應的電子核銷信息。對此，以出口貨物報關單（出口退稅專用）海關注明的出口日期為準，試點地區企業要分清兩種情況：一是不用核銷的時限。《通知》和《國家外匯管理局關于貨物貿易外匯管理制度改革試點有關問題的通知》（匯發[2011]39號）規定，試點地區企業在2011年12月1日前報關出口且截至該日尚未核銷的出口業務，不再辦理出口收匯核銷手續。
二是需要核銷的時限。在2011年12月1日前已核銷的出口業務，還應按其原申報出口退（免）稅的辦法，提供相應的出口收匯核銷單以及相關信息。如，還是按申報期辦理出口退（免）稅并在210天內進行收匯核銷的試點地區企業，假設出口貨物自出口之日起滿210天的時間為11月28日。那么，該企業應當在11月28日前進行收匯核銷并收齊單證或電子核銷信息，按國稅發[2004]64號文件規定辦理出口退（免）稅相關事宜。否則，出口貨物應視同內銷征稅，但已申請延期核銷的除外。
稅務部門審核退稅區分四類問題
根據《通知》要求，試點地區稅務部門對企業在試點期間報關出口的貨物辦理出口退（免）稅，不再審核企業的紙質出口收匯核銷單及相應的電子核銷信息；對試點地區已經試行申報出口退（免）稅免予提供紙質核銷單的出口企業，稅務部門也不再審核其出口收匯核銷電子數據。因此，稅務部門如何處理好新舊政策的銜接十分關鍵，以出口貨物報關單（出口退稅專用）海關注明的出口日期為準，應當區分4類問題：一是2011年12月1日前出口并已核銷的，應當對其紙質單證或出口收匯核銷單信息進行人工審核和信息掛審，按原政策規定比對相關數據是否相符，再辦理出口退（免）稅。二是2011年12月1日前已辦理出口收匯核銷手續但未收到外匯管理部門傳遞的核銷單信息的，應在取得相關出口收匯核銷單信息后，再辦理出口退（免）稅事宜。三是2011年12月1日前已到出口收匯核銷期限，但未核銷或逾期核銷的，應根據《國家稅務總局關于出口企業延期提供出口收匯核銷單有關問題的通知》（國稅函[2010]89號）有關規定，分析是否屬于網上核銷系統、信息傳輸等原因造成的逾期核銷。
否則，對相關出口貨物應視同內銷征稅。四是2011年12月1日前其他未辦理出口收匯核銷手續及2011年12月1日起報關出口的貨物，不再審核出口收匯核銷單或電子核銷信息。如，出口貨物超過12月1日未到收匯核銷期限的。
部門之間信息交換采用兩種方式
雖然試點地區取消了出口貨物收匯核銷制度，并且企業申報出口退（免）稅不再使用出口收匯核銷單及信息。但是，對于稅務部門“信息管稅”仍然是當前加強稅收管理的主要手段之一。因此，外匯部門與稅務部門之間在其他方面的數據信息與企業外匯收支情況相互進行交流完全有必要。根據《通知》要求采用兩種方式：一是外匯部門向稅務部門提供的數據和信息。按照外匯部門對企業的分類管理的信息，出口企業貨物貿易收匯逐筆數據和B、C類企業的總量核查數據。二是稅務部門向外匯部門提供的信息。按照稅務部門對出口企業的分類管理信息，以及檢查發現的收匯異常信息和出口退稅騙稅企業信息，還包括出口退稅審核關注商品目錄。
退稅申報企業注意兩個事項
此次，外匯管理制度改革，取消出口收匯核銷手續，有利于出口企業貿易便利、規避外匯風險、降低社會成本和加快出口退（免）稅進度。但目前出口退（免）稅審核配套操作系統還未升級完善到位，現用出口退稅審核系統中參數配置還要求比對出口貨物收匯銷核單信息。
因此，在國家稅務總局新審核系統未下發之前，建議試點地區企業注意：一是對12月1日前已到出口收匯核銷期限的單證，應及時到外匯管理部門或在網上核銷系統中進行核銷，并在所屬期內做單證收齊申報退稅；二是對在12月1日之后到期核銷以及出口的貨物，應在所屬期內暫按單證不齊處理，等待稅務部門新審核系統下發后，再在出口退稅申報系統中撤消單證不齊標，做收齊單證申報退（免）稅，但注意按單證不齊的處理必須在退（免）稅申報期之內。
同時，試點企業還應關注當地稅務部門發布此方面的通知，防止操作不當或理解有誤而帶來的稅收風險。
