根據企業所得稅法第五十條規定，除稅收法律、行政法規另有規定外，居民企業以企業登記注冊地為納稅地點；但登記注冊地在境外的，以實際管理機構所在地為納稅地點。居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅。同時，根據公司法第十四條規定，公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由其總公司承擔。由于B公司不具有法人資格，不單獨納稅，應由A公司匯總納稅。因此，2011年度B公司支付給A公司的總機構管理費用，A公司在匯總納稅時不得作為正常費用扣除。這樣，在2011年所得稅匯算清繳時，A公司應調增應納稅所得額100萬元。
不過，企業之間支付的管理費，既有總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于企業所得稅法采取法人所得稅，對總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構自動匯總得到解決，分公司支付的管理費用不得作為總公司正常費用扣除。但是，對屬于不同獨立法人的母子公司之間，確實發生提供管理服務的管理費，應按照獨立企業之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業正常的勞務費用進行稅務處理，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除，以避免重復扣除。
例如：甲公司和乙公司均屬于居民企業，而乙公司是甲集團有限責任公司的子公司，甲公司擁有乙公司100%的股權。2011年年初，甲公司股東會作出決定：2011年度乙公司應向甲公司支付銷售收入5%的管理費用300萬元。2011年12月31日，乙公司按規定上交了總公司的管理費用300萬元。乙公司在會計處理上，借記“管理費用”，貸記“銀行存款”科目。同時，2011年8月乙公司按公允價值，向甲公司支付了技術、管理等一條龍服務費800萬元，雙方為此簽訂了服務合同或協議，明確了規定提供服務的內容、收費標準及金額，并按稅法規定從甲公司取得了社會服務業統一發票。乙公司在會計處理上，借記“管理費用”，貸記“銀行存款”科目。假定不考慮其他納稅調整因素，那么在2011年所得稅匯算清繳時，乙公司應如何進行納稅調整？
根據企業所得稅法第四十九條規定，企業之間支付的管理費、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息，不得扣除。因此，2011年度乙公司支付給甲公司的總機構管理費用300萬元不得扣除。然而，根據《國家稅務總局關于母子公司間提供服務支付費用有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅發[2008]86號）規定，母公司為其子公司提供各種服務而發生的費用，應按照獨立企業之間公平交易原則確定服務的價格，作為企業正常的勞務費用進行稅務處理。母公司向其子公司提供各項服務，雙方應簽訂服務合同或協議，明確規定提供服務的內容、收費標準及金額等，凡按上述合同或協議規定所發生的服務費，母公司應作為營業收入申報納稅；子公司作為成本費用在稅前扣除。如果母公司向其多個子公司提供同類項服務，其收取的服務費可以采取分項簽訂合同或協議收取；也可以采取服務分攤協議的方式。母子公司未按照獨立企業之間的業務往來收取價款的，稅務機關有權予以調整。但母公司以管理費形式向子公司提取費用，子公司因此支付給母公司的管理費，不得在稅前扣除。子公司申報稅前扣除向母公司支付的服務費用，應向主管稅務機關提供與母公司簽訂的服務合同或者協議等與稅前扣除該項費用相關的材料。不能提供相關材料的，支付的服務費用不得稅前扣除。據此，在2011年所得稅匯算清繳時，乙公司支付的按比例分攤的管理費用300萬元不得扣除。但按公允價值支付的服務費800萬元可以扣除。不過，在申報納稅時，對于800萬元的服務費扣除，乙公司必須向主管稅務機關提供，與甲公司簽訂的服務合同或者協議等相關材料。
非居民企業支付管理費用
企業所得稅法實施條例第五十條規定，非居民企業在中國境內設立的機構、場所，就其中國境外總機構發生的與該機構、場所生產經營有關的費用，能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據和方法等證明文件，并合理分攤的，準予扣除。所以，非居民企業如果在中國境內設立的機構、場所的，稅法允許支付境外合理分攤的費用給予扣除。例如：一家美國公司在中國設立了分支機構丙公司。2011年，丙公司支付境外兩筆管理費用。第一筆100萬元，丙公司能出具總機構的費用匯集范圍、定額、分配依據和方法等證明文件，并且經稅務中介機構認定，該費用支出比較合理。第二筆200萬元。丙公司既不能提供境外總機構相關證明文件，又不能出具稅務中介機構關于費用是否合理的證明。假定不考慮其他納稅調整因素，那么在2011年所得稅匯算清繳時，丙公司應如何進行納稅調整？
依據企業所得稅法實施條例第五十條2011年丙公司支付境外總機構的管理費用，第一筆100萬元，由于能出具相關的證明文件，并認定該費用合理，因此，可以作為正常費用扣除。但支付的第二筆200萬元，由于不能出具相關的證明文件，又不能認定該費用是否合理，所以，就不得作為正常費用在所得稅前扣除。
