什么是成本分攤協議，就是分攤成本費用，由各個受益的所得稅主體進行列支，關于這個成本分攤的問題，在2008年剛剛企業所得稅改革的時候，還是非常的認真的，要想得到認可是非常的不容易的。
(1)企業所得稅由嚴格到開放
《國家稅務總局關于規范成本分攤協議管理的公告》(國家稅務總局公告2015年第45號)規定：
為貫徹落實《國務院關于取消非行政許可審批事項的決定》（國發[2015]27號），規范成本分攤協議管理，依據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例、《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則，現就有關事項公告如下：
一、企業應自與關聯方簽訂（變更）成本分攤協議之日起30日內，向主管稅務機關報送成本分攤協議副本，并在年度企業所得稅納稅申報時，附送《中華人民共和國企業年度關聯業務往來報告表》。
二、稅務機關應當加強成本分攤協議的后續管理，對不符合獨立交易原則和成本與收益相匹配原則的成本分攤協議，實施特別納稅調查調整。
三、企業執行成本分攤協議期間，參與方實際分享的收益與分攤的成本不配比的，應當根據實際情況做出補償調整。參與方未做補償調整的，稅務機關應當實施特別納稅調查調整。
四、本公告自2015年7月16日起施行。《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發[2009]2號文件印發）第六十九條同時廢止。
那廢止的是什么呢：第六十九條企業應自成本分攤協議達成之日起30日內，層報國家稅務總局備案。稅務機關判定成本分攤協議是否符合獨立交易原則須層報國家稅務總局審核。
那用白話講這個東西就是相關多方共同接受的服務或采購(其實2號文中還是特指某些事項的，并不是全部)，彼此之間并不是服務的關系，而是共同采購者聯盟的關系，所以就分攤吧，比照個分攤協議提供，也不用國家稅務總局審核了。
這種情形之下，比如基本上得到認可的水電費分攤表，配上發票復印件，這個事就扯平了，稅前分著扣除吧，也不會有人提出說沒有發票不讓扣除，這就是成本分攤協議的好處。但是我們的增值稅同學認可不認可呢？
(2)增值稅上并不承認成本分攤協議
為什么，單就這個水電費，就是沒有搞定分攤的事，在增值稅上讓作“轉售”處理，這不是跟企業所得稅過不去嗎!但沒有辦法，增值稅上就是銷售，鏈條上一個不能少。因此成本分攤協議是所得稅的事，而增值稅上，盡管企業的會計核算上并不作銷售處理，但是既然掛往來科目的核算，仍屬于增值稅上開具發票(根據需要)，但要作采購、銷售的處理，這就是增值稅的“個性”。
(3)面對增值稅與企業所得稅的迷惑
基于抵扣之需，要開具發票(小規模納稅人可能只要普票)，但是如果沒有稅前扣除需要，即如果有成本分攤的處理了(水電可能稍有點不大符合2號文件提到的成本分攤的常規事項)，那要不要也不耽誤稅前扣除，只是如果要抵扣，那必須要開具增值稅專用發票，此時分攤協議的事，那只是分了扣除就可以了，增值稅的抵扣就走抵扣鏈條。此時要注意，分攤的成本費用中，需要考慮因為轉售形成的不含稅金額和稅額的劃分，即最后的結果是成本分攤的金額到真正落實到各方，就是扣除抵扣之后，不含稅金額的意思了。
[案例]
某母公司與子公司共同采購外部營銷服務，價格是212萬元，兩者均為一般納稅人，根據成本分攤協議，兩家各承擔106萬元，此時在企業所得稅上是這樣進行處理的。但是這兒有一個問題，母公司的會計處理：
借：其他應收款100
借：應交稅費-應交增值稅(進項稅額)12
借：管理費用100
貸：銀行存款212
那這不對啊，不是106分給子公司了嗎？其中的6為何不分一部分給別人抵扣了呢？這就要說到增值稅的事了，增值稅的轉售的事：
借：其他應收款6
貸：應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)6
這樣的結果是，形成的抵扣結果是6，而子公司分的增值稅進項稅額也是6，給的錢是106給母公司。這樣也是在增值稅上作銷售收入106，不含稅銷售額100，稅額是6，這樣母公司來講是平進平出，不涉及溢價的問題，分攤了，還挑戰10%成本利潤率嗎？估計就不會挑戰了。
