稅務機關對丟失專用發(fā)票的納稅人，可以按《發(fā)票管理辦法》第三十六條“違反發(fā)票管理法規(guī)的行為包括：（五）未按照規(guī)定保管發(fā)票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。
2，納稅人丟失空白普通發(fā)票后，必須按規(guī)定程序向當?shù)刂鞴芏悇諜C關報告，丟失普通發(fā)票的納稅人必須自行到轄區(qū)內(nèi)的地級市報刊上刊登“丟失聲明”，然后填報《發(fā)票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發(fā)票退回或作廢手續(xù)。
稅務機關對丟失空白普通發(fā)票的納稅人，可以按《發(fā)票管理辦法》第三十六條“違反發(fā)票管理法規(guī)的行為包括：（五）未按照規(guī)定保管發(fā)票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。
二、納稅人丟失已開具的增值稅專用發(fā)票的處理
納稅人將已經(jīng)填開的增值稅專用發(fā)票丟失，應主要依據(jù)《國家稅務總局關于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)〔2006〕156號）第二十八條和第二十九條的規(guī)定處理。
納稅人丟失增值稅專用發(fā)票各聯(lián)次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。
1，發(fā)票開出未認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
（3）專用發(fā)票抵扣聯(lián)無法認證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務機關認證。專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?/span>
（4）納稅人丟失記賬聯(lián)的，如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）納稅人丟失專用發(fā)票全部聯(lián)次處理：納稅人在認證前丟失增值稅專用發(fā)票全部聯(lián)次，按丟失空白專用發(fā)票處理。
2，發(fā)票開出已認證情形處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
（3）一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>
（4） 一般納稅人丟失記賬聯(lián)的處理：如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）丟失全聯(lián)次處理：納稅人已認證，但丟失發(fā)票的，必須按規(guī)定程序向當?shù)刂鞴芏悇諜C關報告。并登報聲明作廢。稅務機關對丟失發(fā)票的納稅人，可以按《發(fā)票管理辦法》第三十六條“違反發(fā)票管理法規(guī)的行為包括：（五）未按照規(guī)定保管發(fā)票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新打印一次，經(jīng)主管稅務機關審核同意，作為記賬憑證。
三，納稅人丟失已開具的普通發(fā)票處理
納稅人丟失已開具的普通發(fā)票，大多是由保管不善造成。未經(jīng)過稅務機關審核同意，發(fā)票取得方用開具方提供的復印件、證明等資料不能作為稅前扣除憑據(jù)。
（1）納稅人丟失已開具的普通發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，應根據(jù)《發(fā)票管理辦法實施細則》第三十一條規(guī)定，使用發(fā)票的單位和個人丟失發(fā)票，應于發(fā)票丟失當日或次日（節(jié)假日順延）書面報告主管稅務機關，并向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發(fā)票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。
（2）開具發(fā)票一方丟失已填開的發(fā)票聯(lián)，應重新開具發(fā)票交對方入帳。重新開具發(fā)票時，應在備注欄填寫丟失發(fā)票的客戶名稱、發(fā)票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發(fā)票方記帳時附上丟失發(fā)票的其他聯(lián)次作為合法入帳憑證。
（3）取得發(fā)票一方丟失已填開的發(fā)票聯(lián)，應取得原簽發(fā)單位蓋有公章的證明，并注明原來發(fā)票號碼、金額和內(nèi)容等，由經(jīng)辦單位負責人批準后，才能代作原始憑證。實行電子發(fā)票的，由開票方按丟失發(fā)票代碼、號碼查詢打?。◤陀。┌l(fā)票圖片，加蓋開票方公章作為入賬憑證。
發(fā)票存根聯(lián)或記帳聯(lián)的復印件只能作為原始憑證的附件，不能直接代作原始憑證。
發(fā)票復印件經(jīng)提供原件的單位注明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章后，方可作為原始憑證。
（4）納稅人將在稅務局代開發(fā)票的發(fā)票聯(lián)或記賬聯(lián)丟失，可向開具發(fā)票的稅務機關申請出具曾于X年X月X日開具XX發(fā)票，說明取得發(fā)票單位名稱、購貨或服務的單位數(shù)量、單價、規(guī)格、大小寫金額、發(fā)票字軌、發(fā)票編碼、發(fā)票號碼等的書面證明，或要求開具發(fā)票的稅務機關提供所丟失發(fā)票的存根聯(lián)復印件，經(jīng)主管稅務機關審核后，可作為合法憑證入賬。
（5）納稅人丟失存根聯(lián)或記帳聯(lián)的，應取得發(fā)票聯(lián)復印件，發(fā)票復印件經(jīng)提供原件的單位注明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章后，方可作為原始憑證。
（6）納稅人丟失普通發(fā)票全部聯(lián)次的，按丟失空白普通發(fā)票處理。
稅務機關對丟失普通發(fā)票的納稅人，可以按《發(fā)票管理辦法》第三十六條“違反發(fā)票管理法規(guī)的行為包括：（五）未按照規(guī)定保管發(fā)票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。
