需要注意的是，原有企業(yè)所得稅相關(guān)法規(guī)對此有不同的處理原則，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)的免稅所得彌補(bǔ)虧損問題的通知》（國稅發(fā)[1999]34號）的規(guī)定，免稅項(xiàng)目的所得，可以彌補(bǔ)應(yīng)稅項(xiàng)目當(dāng)年及以前年度的虧損。
跨年度調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可彌補(bǔ)虧損
對跨年度調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可否彌補(bǔ)虧損的問題，新舊稅收法規(guī)有不同的處理原則。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂企業(yè)所得稅納稅申報(bào)表的通知》（國稅發(fā)[2006]56號，該文已廢止）規(guī)定，查補(bǔ)的應(yīng)納稅所得額，應(yīng)并入所屬年度的應(yīng)納稅所得中，按稅法規(guī)定計(jì)算應(yīng)補(bǔ)稅額，但不得彌補(bǔ)以前年度虧損，不得作為計(jì)算公益、救濟(jì)性捐贈稅前扣除的基數(shù)。而根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于查增應(yīng)納稅所得額彌補(bǔ)以前年度虧損處理問題的公告》（國家稅務(wù)總局2010年第20號）規(guī)定，稅務(wù)機(jī)關(guān)對企業(yè)以前年度納稅情況進(jìn)行檢查時(shí)調(diào)增的應(yīng)納稅所得額，凡企業(yè)以前年度發(fā)生虧損、且該虧損屬于企業(yè)所得稅法規(guī)定允許彌補(bǔ)的，應(yīng)允許調(diào)增的應(yīng)納稅所得額彌補(bǔ)該虧損。彌補(bǔ)該虧損后仍有余額的，按照企業(yè)所得稅法規(guī)定計(jì)算繳納企業(yè)所得稅。
例如，2010年的企業(yè)所得稅納稅調(diào)整后所得為-60萬元，結(jié)轉(zhuǎn)至2010年可彌補(bǔ)的以前年度虧損30萬元。稅務(wù)機(jī)關(guān)于2012年3月對其2010年度企業(yè)所得稅進(jìn)行檢查，調(diào)增2010年度應(yīng)納稅所得額100萬元（不考慮其他納稅調(diào)整事項(xiàng)）。
稅務(wù)處理：稅務(wù)機(jī)關(guān)調(diào)增應(yīng)納稅所得額100萬元，則2010年度納稅調(diào)整后所得為100－60＝40（萬元），可用于彌補(bǔ)以前年度法定彌補(bǔ)期內(nèi)的虧損30萬元，則當(dāng)年應(yīng)納稅所得額為40－30＝10（萬元），再按規(guī)定計(jì)算應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅。
資產(chǎn)損失造成虧損應(yīng)在所屬年度彌補(bǔ)
《企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2011年第25號）規(guī)定，企業(yè)因以前年度實(shí)際資產(chǎn)損失未在稅前扣除而多繳的企業(yè)所得稅稅款，可在追補(bǔ)確認(rèn)年度企業(yè)所得稅應(yīng)納稅款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度遞延抵扣。企業(yè)實(shí)際資產(chǎn)損失發(fā)生年度扣除追補(bǔ)確認(rèn)的損失后出現(xiàn)虧損的，應(yīng)先調(diào)整資產(chǎn)損失發(fā)生年度的虧損額，再按彌補(bǔ)虧損的原則，計(jì)算以后年度多繳的企業(yè)所得稅稅款，并按前款辦法進(jìn)行稅務(wù)處理。
例如，企業(yè)進(jìn)行2011年度匯算清繳時(shí)，發(fā)現(xiàn)2010年有一批存貨因自然災(zāi)害發(fā)生損失20萬元未申報(bào)扣除。假設(shè)2010應(yīng)納稅所得額為10萬元，2011年應(yīng)納稅所得額為50萬元。
稅務(wù)處理：2010年資產(chǎn)損失20萬元追補(bǔ)確認(rèn)期限未超過5年，企業(yè)應(yīng)向稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行專項(xiàng)申報(bào)，準(zhǔn)予在2010年全額追補(bǔ)扣除，追補(bǔ)后2010年實(shí)際虧損20－10＝10（萬元）。所以，2010年多繳稅款10×25%＝2.5（萬元），2011年應(yīng)繳企業(yè)所得稅（50－10）×25%＝10（萬元）。2010年多繳的稅款2.5萬元不能退稅，只能遞延到以后年度抵扣。因此，2011年實(shí)際應(yīng)繳納企業(yè)所得稅10－2.5＝7.5（萬元）。
清算期間可依法彌補(bǔ)虧損
《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅[2009]60號）規(guī)定，企業(yè)清算中應(yīng)依法彌補(bǔ)虧損，確定清算所得，企業(yè)應(yīng)將整個(gè)清算期作為一個(gè)獨(dú)立的納稅年度計(jì)算清算所得。企業(yè)計(jì)算清算所得時(shí)彌補(bǔ)的以前年度虧損，包括清算當(dāng)年正常生產(chǎn)經(jīng)營期間發(fā)生的虧損額，并且彌補(bǔ)的年限應(yīng)從當(dāng)年算起，向前推算4年，允許彌補(bǔ)虧損的年限共計(jì)5年。
例如，某企業(yè)由于生產(chǎn)經(jīng)營不善，于2011年5月停止生產(chǎn)經(jīng)營，要辦理注銷登記。企業(yè)在注銷前辦理了2011年的企業(yè)所得稅匯算清繳，調(diào)整后所得額為-200萬元，至此，企業(yè)2006年的虧損還有100萬元沒有彌補(bǔ)。清算期彌補(bǔ)虧損前計(jì)算的清算所得為300萬元。
稅務(wù)處理：如果清算期間的應(yīng)納稅所得額計(jì)算為“300－200－100＝0”就錯了，因?yàn)榍逅闫陂g是一個(gè)獨(dú)立的納稅年度，2006年的100萬元虧損，只能結(jié)轉(zhuǎn)到2011年的匯算清繳中彌補(bǔ)，而不能結(jié)轉(zhuǎn)到清算期間彌補(bǔ)。因此，清算期間的應(yīng)納稅所得額為300－200＝100（萬元）。
